R - pairwise_t_test 在合并标准差和非合并标准差之间切换时测试统计量不变

Question

在将成对 t 检验作为 post hoc 检查单向重复测量方差分析时，我注意到了一个奇怪的地方。当我汇集标准差时，rstatix 库中 pair_t_test 的测试统计量不会改变——实际上 none 的输出发生变化。

我的理解是，汇集标准差的全部意义在于更准确地估计检验统计量。但是，在尝试这一点时，我无法在输出中找到差异（见下文）。

我的理解有误吗？合并标准偏差对多重成对比较（尽管有球形度）应该有什么影响？

我使用了以下数据设置：

library(rstatix)
library(tidyverse)

selfesteem.test <- selfesteem %>%
  gather(key = "time", value = "score", t1, t2, t3) %>%
  convert_as_factor(id, time)

在以下代码中使用合并标准差：

selfesteem.test %>%
  pairwise_t_test(
    score ~ time,
    paired = TRUE,
    p.adjust.method = "bonferroni",
    pool.sd = TRUE
  )

导致：

# A tibble: 3 x 10
  .y.   group1 group2    n1    n2 statistic    df           p    p.adj p.adj.signif
* <chr> <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl> <dbl>       <dbl>    <dbl> <chr>       
1 score t1     t2        10    10     -4.97     9 0.000772    0.002    **          
2 score t1     t3        10    10    -13.2      9 0.000000334 0.000001 ****        
3 score t2     t3        10    10     -4.87     9 0.000886    0.003    **

以下代码：

selfesteem.test %>%
  pairwise_t_test(
    score ~ time,
    paired = TRUE,
    p.adjust.method = "bonferroni",
    pool.sd = FALSE
  )

结果相同：

# A tibble: 3 x 10
  .y.   group1 group2    n1    n2 statistic    df           p    p.adj p.adj.signif
* <chr> <chr>  <chr>  <int> <int>     <dbl> <dbl>       <dbl>    <dbl> <chr>       
1 score t1     t2        10    10     -4.97     9 0.000772    0.002    **          
2 score t1     t3        10    10    -13.2      9 0.000000334 0.000001 ****        
3 score t2     t3        10    10     -4.87     9 0.000886    0.003    **

Answer 1

根据?pairwise_t_test

Pooling does not generalize to paired tests so pool.sd and paired cannot both be TRUE.

If pool.sd = FALSE the standard two sample t-test is applied to all possible pairs of groups. This method calls the t.test(), so extra arguments, such as var.equal are accepted.

此外，用法确实显示了否定 (!)

pairwise_t_test( data, formula, comparisons = NULL, ref.group = NULL, p.adjust.method = "holm", paired = FALSE, pool.sd = !paired, detailed = FALSE, ... )

R - pairwise_t_test 在合并标准差和非合并标准差之间切换时测试统计量不变

R - pairwise_t_test Test Statistics Unchanged When Switching Between Pooled Standard Deviation and non-Pooled Stardard Deviation

r

pairwise

rstatix