如何获得仅由带有 1:1 线的散点图和良好的轴标签组成的散点矩阵？

Question

我想要一个仅包含散点图的矩阵，其中存在一条 1:1 线。数据具有以下结构：

bulk_SIC_25 <- data.frame(soilsample$bulk_SIC_scheibler_25,soilsample$bulk_SIC_LECO.CBLB_25,soilsample$bulk_SIC_RE6_25)
colnames(bulk_SIC_25)<-c("SIC_scheibler_25","SIC_LECO-CBLB_25","SIC_RE6_25")

dataframe中的数据是：

dput(bulk_SIC_25) structure(list(SIC_scheibler_25 = c(8.292, 9.648, 9.072, 6.084, 10.944, 12.48, 4.368, 6.732, 5.592, 9.024, 8.7, 9.48, 9.588, 3.432, NA, 15.72), SIC_LECO-CBLB_25 = c(6.9, 9.5, 8, 6.6, 11.1, 13, NA, 7, 5.5, 8.95, 9.14, 9.6, 9.2, 3.5, NA, NA), SIC_RE6_25 = c(10.4, 10.7, 11.3, 8.6, 13.2, 15.5, 6.3, 9.6, 7.6, 10.5, 10.7, 11.3, 11.4, 5.1, 17.2, 17.9)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -16L))

pairs 函数生成一个漂亮的矩阵，其中只有散点图和可见的 x/y 轴和变量名： example pairs

pairs(bulk_SIC_25, labels=colnames(bulk_SIC_25),gap=0.5, main=" Total Carbon in bulk soil ",lower.panel=NULL, cex.labels=1.5 ,pch=21, bg="Black")`

但是，我无法更改点的大小，也无法添加 1:1 行。因此，我切换到带有内部标签的 ggpairs:

Example ggpairs internal labels 代码：

ggpairs(data=soilsample, columns = c("bulk_SIC_scheibler_25","bulk_SIC_LECO.CBLB_25","bulk_SIC_RE6_25"), upper="blank",axisLabels = "internal")+ggtitle(label="Soil Organic Carbon bulk soil")+theme_bw(base_size=15)+geom_abline(intercept=0,slope=1)+labs(x="g C/ kg soil", y= "g C / kg soil")+geom_point(size=3)+  theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))

但是，如您所见，内部轴标签的网格线与散点图不匹配，因此散点图很难阅读。

我试过：

limitRangediag <- function(data, mapping, ...) {
      ggplot(data = data, mapping = mapping, ...) + 
        scale_y_continuous(limits = c(5, 16)) +
        scale_x_continuous(limits = c(5, 16)) 
}

ggpairs(data=soilsample, columns = c("bulk_SIC_scheibler_25","bulk_SIC_LECO.CBLB_25","bulk_SIC_RE6_25"), upper="blank",lower = list(continuous = limitRange),diag=list(continous=limitRangediag),axisLabels = "internal")+ggtitle(label="Soil Organic Carbon bulk soil")+theme_bw(base_size=15)+geom_abline(intercept=0,slope=1)+labs(x="g C/ kg soil", y= "g C / kg soil")+geom_point(size=3)+
      theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))

我知道我在编写函数时做错了，但我对此非常缺乏经验，不知道我做错了什么。

我也可以安心地将外部标签放在 ggpairs 的正确位置（因此跳过第一个空白行，并将标签放在图本身上方），但我不知道这样做...... : example ggpairs external labels

ggpairs(data=df, columns = c("bulk_SIC_scheibler_25","bulk_SIC_LECO.CBLB_25","bulk_SIC_RE6_25"), upper="blank",diag="blank",axisLabels = "shown")+ggtitle(label="Soil Organic Carbon bulk soil")+theme_bw(base_size=15)+geom_abline(intercept=0,slope=1)+labs(x="g C/ kg soil", y= "g C / kg soil")+geom_point(size=3)+ theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))

如果有人能帮我解决这 3 个选项中的一个问题，以获得一个漂亮的散点图矩阵，其中包含一条 1:1 线和大小可调的点，并带有可读的轴标签，我将不胜感激！ !

Answer 1

在 pairs() 中，您可以将 panel= 参数（默认情况下为 points()）指定为包含您想要的任何内容的函数，例如对 [=14 的调用=]（在您的情况下，您将使用 upper.panel=，因为您希望下面板为 NULL）
cex 参数（传递给面板函数）将更改磅值。

pairs(mtcars[,1:5],
   panel = function(...) { points(...); abline(a=0,b=1,lty=2,col="red") },
   cex=4,
   gap=0  ## you didn't ask for this but I prefer it
)

在此特定示例中，1:1 线并未出现在每个面板中，但原则上它存在（您必须设置 x、y 限制以确保它与面板区域相交）

如何获得仅由带有 1:1 线的散点图和良好的轴标签组成的散点矩阵？

How to get a scatter matrix consisting of just scatterplots with a 1:1 line, and good axis labels?

r

ggpairs

scatter-matrix