如何将列数据变成列名？

Question

我得到了一个光谱学参考数据库，它与我正在使用的示例数据集非常不同。在我的数据中，0 或 1 表示是否存在峰值，而在参考数据库中，峰值位置被列为行值并根据肽数据（我不需要）分组为列。

我的数据集如下所示：

Sample   1110   1111   1112
1         1        0      0
2         1        0      1
3         0        1      1
4         1        1      1

虽然参考数据库看起来像这样（请注意每列有多个值）：

Species     peptide1   peptide2    peptide3
cow           1110        1112         NA
sheep         1111        1112         NA
goat           NA         1113        1114

所需的输出看起来类似于我的数据集：

Species   1110    1111    1112    1113    1114
cow         1        0      1        0      0
sheep       0        1      1        0      0
goat        0        0      0        1      1

这些过于简单化了，但它们说明了问题 - 如果我需要提供实际数据，请告诉我。我需要 transpose/sort 单元格中的值，同时替换二进制文件中的原始值（同样，我不需要将肽列名称保留在参考数据库中）。我真的希望有一个简单的 dplyr 或 tidyr 技巧 - 我想一个传播函数可以工作，但我不知道如何为多列做这件事，也不知道如何保留原始数据。或者，我可以手动将所有数据附加为长格式，然后 melt/cast 将其转换为更宽的格式？

Answer 1

希望这就是您要找的：

library(dplyr)
library(tidyr)

df %>%
  pivot_longer(!Species) %>%
  mutate(val = 1) %>%
  select(-name) %>%
  drop_na() %>%
  arrange(value) %>%
  pivot_wider(names_from = value, values_from = val) %>%
  mutate(across(!Species, ~ replace_na(., 0)))

# A tibble: 3 x 6
  Species `1110` `1111` `1112` `1113` `1114`
  <chr>    <dbl>  <dbl>  <dbl>  <dbl>  <dbl>
1 cow          1      0      1      0      0
2 sheep        0      1      1      0      0
3 goat         0      0      0      1      1

数据

df <- tribble(
  ~Species,     ~peptide1,   ~peptide2,    ~peptide3,
  "cow",           1110,        1112,         NA,
  "sheep",         1111,        1112,         NA,
  "goat",           NA,         1113,        1114
)

使用 pivot_longer() 和 pivot_wider() 的真正有用的参数简化上述语法，如

df %>% 
  pivot_longer(!Species, values_drop_na = TRUE) %>% 
  pivot_wider(id_cols = Species, names_from = value, names_sort = TRUE, values_fill = 0, values_fn = length)

# A tibble: 3 x 6
  Species `1110` `1111` `1112` `1113` `1114`
  <chr>    <int>  <int>  <int>  <int>  <int>
1 cow          1      0      1      0      0
2 sheep        0      1      1      0      0
3 goat         0      0      0      1      1

Answer 2

在 data.table 中你可以使用 melt 和 dcast :

library(data.table)
dcast(melt(setDT(df), 1, na.rm = TRUE), Species~value, fun.aggregate = length)

#    Species 1110 1111 1112 1113 1114
#1:     cow    1    0    1    0    0
#2:    goat    0    0    0    1    1
#3:   sheep    0    1    1    0    0

如何将列数据变成列名？

How to turn column data into column names?

r

dataframe

dplyr

tidyr

reshape2