无法使用 conda 安装 htslib v1.12

Question

我无法使用以下任一命令通过 conda 安装 htslib v1.12:

conda install -c bioconda htslib
conda install -c bioconda/label/broken htslib

使用 conda install -c bioconda/label/cf201901 htslib 给了我 htslib v1.9.

有人知道如何使用 conda 安装 v1.12 吗？谢谢！

Answer 1

指令 OP 参考来自 Anaconda Cloud，它们是通用的并且忽略了使用专用渠道通常需要的细微差别。具体来说，Bioconda expects 以下渠道优先级：

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults

这是 Bioconda 在构建和测试包时使用的顺序。不遵循这一点可能会导致未定义的行为。

最佳做法是全局设置 - 如果您主要使用生物信息学软件，这很好 - 或者以特定于环境的方式设置（即使用 conda config --env）。

否则，要手动模拟此频道优先级，可以使用

conda install --override-channels -c conda-forge -c bioconda -c defaults htslib=1.12

但大多数时候都可以逃脱

conda install -c conda-forge -c bioconda htslib=1.12

Unable to install htslib v1.12 with conda