在这个使用 Perl 的特定示例中，"Can't locate object method.." 是什么意思？

Question

我正在使用 Perl 对我的数据进行一些分析，使用特定的 BioPerl 包。

我在另一个 post 中阅读了有关此问题的一些建议，但我真的不明白这如何适用于我的脚本。

这是我的脚本：

use strict;
use warnings;
use Bio::AlignIO;
use Bio::Align::DNAStatistics;

my $file = $ARGV[0];
my $idfile = $ARGV[1];

if ($file eq "" ) {
  $file = "NT_MSA_S_protein.fasta";
} elsif ($idfile eq "" ) {
  $idfile = "NT_ID_S_protein.csv";
}

my @contentIDS;

open (LIST, $idfile) or die;
while (my $l = <LIST>) {
    $l =~ s/\n//g; # delete newline
    $l =~ s/\r//g; # delete CR
    next if (length($l) < 1);
    push @contentIDS, $l;
}
close LIST;

my $stats = Bio::Align::DNAStatistics->new();
my $alignin = Bio::AlignIO->new(-format => 'fasta', -file   => $file);  # MSA file
while (my $aln = $alignin->next_aln) {
    my $matrix = $stats->distance(-align => $aln, -method => 'Tajima-Nei');
    WL1: 
    foreach my $aaa (@contentIDS) { ### ID #1
        WL2:
        foreach my $baa (@contentIDS) { ### ID #2
            next (WL2) if ($aaa eq $baa);
            my $data =  $matrix->get_entry($aaa, $baa);
            print "DISTANCE\t$aaa\t$baa\t$data\n";
        } # END WL2
    } # END WL1
}

这是消息错误：

Can't locate object method "get_entry" via package "0" (perhaps you forgot to load "0"?) at Tajima-Nei_Distance_NV.pl lin$

我认为问题可能与“=> 而不是 ->”有关。我只是想。

Answer 1

它告诉您 $matrix 的值为 0。Perl 将 0 解释为 class 名称。您对 $matrix 的分配有问题。

my $matrix = $stats->distance(-align => $aln, -method => 'Tajima-Nei');

我想你想要 -method => 'TajimaNei'。检查 $stats->available_distance_methods.

通常你不能有一个名为 0 的 class，但是 with enough thrust pigs fly just fine.

*{"0::hello"} = sub { "Hello\n" };

package main;

my $matrix = 0;
print $matrix->hello;

Answer 2

您收到的消息，Can't locate object method... (from perldiag)，表示

(F) You called a method on a class that did not exist, and the method could not be found in UNIVERSAL. This often means that a method requires a package that has not been loaded.

所以调用的对象有些不对劲。^† 要么 class 不存在，正如上面引用的文档所说，或者调用该方法的对象不好（之前失败了）...让我们通过代码和文档来跟踪该调用。

链从 Bio::Align::DNAStatistics::distance method, which returns an object of the class Bio::Matrix::PhylipDist 开始。语法是正确的，所以我们期待一个好的矩阵对象（或者如果细节有误，希望是一个彻底的错误）。

但是，错误消息的部分显示

... via package "0" ...

显然意味着矩阵对象实际上有问题（它是 0 -- 根本不是一个对象），因此对于应该 return 该对象的调用，

my $matrix = $stats->distance(-align => $aln, -method => 'Tajima-Nei');

根据文档下方列出的一种距离方法 D_TajimaNei 判断，您可能需要说 -method => 'TajimaNei'（无连字符）。人们可能希望方法 croaks 出现这样的错误，因为我在 returning a 0 中看不到任何意义，但由于情况并非如此，它可能使用此 class.

时添加额外检查是个好主意

另请注意，方法 get_entry 只能在没有参数的情况下调用，get_entry()，并且尝试的 get_entry($aaa, $baa) 方法（需要两个参数）不存在。 ^‡ 这会引出脚注 ^†.

中提到的另一个相关错误

^† 请注意，perldiag 中此方法条目中的括号注释指定错误与对象本身有关，而 previous entry in perldiag , 除了括号注释外，语法完全相同，当调用方法有问题时会引发。我建议始终检查违规声明的所有部分。

^‡ 根据发帖时的最新文档

在这个使用 Perl 的特定示例中，"Can't locate object method.." 是什么意思？

What means "Can't locate object method.." in this specific example using Perl?

perl