R stargazer、lme4 和 lmerTest 不兼容

Question

R新手看这里。我在使用 lmerTest 和 stargazer 时遇到问题。我按照这里的教程让 stargazer 在 R.

中使用 lme4

http://svmiller.com/blog/2015/02/quasi-automating-the-inclusion-of-random-effects-in-rs-stargazer-package/

我运行这个例子没有问题。

library(lme4)
library(stargazer)
data(cake)
summary(M1 <- lmer(angle ~ temp + (1 | replicate) + (1|recipe:replicate), cake, REML= FALSE))
summary(M2 <- lmer(angle ~ factor(temperature) + (1 | replicate) + (1|recipe:replicate), cake, REML= FALSE))
anova(M1,M2)
stargazer(M1, M2, style="ajps", title="An Illustrative Model Using Cake Data", dep.var.labels.include = FALSE, 
          covariate.labels=c( "Temperature (Continuous)", "Temperature (Factor $<$ 185)", "Temperature (Factor $<$ 195)", "Temperature (Factor $<$ 205)", "Temperature (Factor $<$ 215)", "Temperature (Factor $<$ 225)")
)

虽然这有效，但如果我包含 lmerTest 包，stargazer 将不再有效。

library(lme4)
library(lmerTest)
library(stargazer)
data(cake)
summary(M1 <- lmer(angle ~ temp + (1 | replicate) + (1|recipe:replicate), cake, REML= FALSE))
summary(M2 <- lmer(angle ~ factor(temperature) + (1 | replicate) + (1|recipe:replicate), cake, REML= FALSE))
anova(M1,M2)
stargazer(M1, M2, style="ajps", title="An Illustrative Model Using Cake Data", dep.var.labels.include = FALSE, 
          covariate.labels=c( "Temperature (Continuous)", "Temperature (Factor $<$ 185)", "Temperature (Factor $<$ 195)", "Temperature (Factor $<$ 205)", "Temperature (Factor $<$ 215)", "Temperature (Factor $<$ 225)")
)

Error in objects[[i]]$zelig.call : 
  $ operator not defined for this S4 class

我真的很想使用 stargazer，但我的实验需要使用 merModLmerTest 对象，stargazer 不支持。有人知道解决方法吗？将 merModLmerTest 对象转换为兼容的 lmerMod 对象有多难？

Answer 1

仔细查看该代码，我认为这是一个 stargazer 问题。 stargazer 可以读取 class lmerMod 的对象，不能读取 merModLmerTest。由于作者描述的那个 hack 需要 stargazer 包才能通过 stargazer 包含随机效果，我认为你被卡住了。

如果您的工作确实需要 lmerTest（看起来像 anova 函数，对吧？），我会推荐以下内容。

运行您的模型并获得您的方差分析。随心所欲。
运行您的模型，但指定您想要 lme4 估计模型。您可以通过键入 lme4::lmer(y + x1, Data) 来完成此操作。由于您在 lme4 之后加载了 lmerTest 包，因此 lmerTest 实际上成为运行 lmer 函数的默认包。这就是为什么您的对象变成 stargazer 无法读取的 class 的原因。归根结底，它是相同的模型，只是存储方式不同。
最后，使用 xtable 在 LaTeX 中创建方差分析结果，如果这正是您想要的。

修改后的代码应该对您有所帮助。

library(lme4)
library(lmerTest)
library(stargazer)
library(xtable)
data(cake)

# Get the table first.
summary(M1 <- lme4::lmer(angle ~ temp + (1 | replicate) + (1|recipe:replicate), cake, REML= FALSE))
summary(M2 <- lme4::lmer(angle ~ factor(temperature) + (1 | replicate) + (1|recipe:replicate), cake, REML= FALSE))

stargazer(M1, M2, style="ajps", title="An Illustrative Model Using Cake Data", dep.var.labels.include = FALSE, 
      covariate.labels=c( "Temperature (Continuous)", "Temperature (Factor $<$ 185)", "Temperature (Factor $<$ 195)", "Temperature (Factor $<$ 205)", "Temperature (Factor $<$ 215)", "Temperature (Factor $<$ 225)")
)

# now for lmerTest
summary(M1a <- lmer(angle ~ temp + (1 | replicate) + (1|recipe:replicate), cake, REML= FALSE))
summary(M2a <- lmer(angle ~ factor(temperature) + (1 | replicate) + (1|recipe:replicate), cake, REML= FALSE))
anovadf <- data.frame(anova(M1a,M2a))
xtable(anovadf)

Answer 2

这很容易修复。将 lmerTest（在 class merModLmerTest 中）的输出转换为 lmerMod class。这将与 stargazer 兼容。

class(model) <- "lmerMod"

R stargazer、lme4 和 lmerTest 不兼容

R stargazer, lme4 and lmerTest incompatibility

latex

r

lme4

stargazer