如何在 excel w/ biopython 中将一列 3 个字母的氨基酸转换为 1 个字母的氨基酸？

Question

我想将 excel 中的一列三字母氨基酸转换为一个字母，并将单字母氨基酸打印到 excel 文件中的每个相应行。我知道我可以为此使用 biopython。

我尝试过的：

import Bio
from Bio.SeqUtils import seq1
seq1("MetAlaIleValMetGlyArgTrpLysGlyAlaArgTer")
'MAIVMGRWKGAR*'

但我想让大家明白，我不能将 python 的字符串进行转换。我需要阅读 excel 中的一整列，并打印一个包含转换后的单字母序列的新列。图片供参考：

Answer 1

对于旧的 xls 文件，我在下面管理代码，与您的示例一起保存副本您的文件的新列。我知道 pandas 库可以更好地管理 xlx 和更新版本。让我知道它对你有用

#!/usr/bin/env python3
# -*- coding: utf-8 -*-

"""
Created on Sat May  1 15:24:42 2021

@author: Pietro




"""

#import Bio #not needed

from Bio.SeqUtils import seq1


# Reading an excel file using Python

import xlrd   #read xls library

from xlutils.copy import copy  #copies xls library

## from xlwt import Workbook # writes xls library ##not necessary
 


loc = ("inputz.xls") # input xlx same directory of python script
 


wb = xlrd.open_workbook(loc) #open xls file

wb_copy = copy(wb) #copy of your xls file

sheet = wb.sheet_by_index(0) #select sheet of input file

sheet_copy = wb_copy.get_sheet(0)  #select sheet of copy file



lenght_rows = sheet.nrows #number of rows in input file 

print(sheet.cell_value(0, 0)) # prints sheet 0 cell 0,0 of input file 

print(lenght_rows) #prints number of rows of input file

# loops over row (0,1 to 0, number of rows) of input file
# 
# and use biopython to convert 3 letter into 1 letter 
# writes 3 and 1 letters to copy xls file

for i in range(1,lenght_rows):   
    print(sheet.cell_value(i, 0), '   :  ' , seq1(sheet.cell_value(i, 0)))
    sheet_copy.write(i,0,sheet.cell_value(i, 0))
    sheet_copy.write(i,1,seq1(sheet.cell_value(i, 0)))
    
wb_copy.save('output.xls') #saves xls output file

如何在 excel w/ biopython 中将一列 3 个字母的氨基酸转换为 1 个字母的氨基酸？

How do I convert a column of 3-letter amino acids to 1- letter amino acids in excel w/ biopython?

python

biopython