安装后出现浮点异常 rstan/brms

Question

我目前正在尝试在我的 Fedora34 机器上获取 rstan 和 brms 运行ning，但在几个小时后未能成功。至关重要的是，测试示例模型或其他模型总是给我一个“浮点异常”。当我运行 RStudio 中的代码时，它只是崩溃并中止所有内容，而来自终端的运行ning 基本上是相同的，但给了我浮点异常的提示，如下所示。遗憾的是，错误消息仅限于“浮点异常”的信息。

make命令是：

  make -f '/usr/lib64/R/etc/Makeconf' -f '/usr/share/R/make/shlib.mk' \
  -f '/root/.R/Makevars' CXX='$(CXX14) $(CXX14STD)' \
   CXXFLAGS='$(CXX14FLAGS)' CXXPICFLAGS='$(CXX14PICFLAGS)' \
SHLIB_LDFLAGS='$(SHLIB_CXX14LDFLAGS)' SHLIB_LD='$(SHLIB_CXX14LD)' \
SHLIB='filef8256c0e3305.so' OBJECTS='filef8256c0e3305.o'

make 将使用：

g++ -std=gnu++14 -I"/usr/include/R" -DNDEBUG   -I"/usr/local/lib/R/library \
/Rcpp/include/"  -I"/usr/local/lib/R/library/RcppEigen/include/" \
 -I"/usr/local/lib/R/library/RcppEigen/include/unsupported"  \
-I"/usr/local/lib/R/library/BH/include" \
-I"/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/include/src/" \
 -I"/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/include/"  \
-I"/usr/local/lib/R/library/RcppParallel/include/"  -I"/usr/local/lib/R/library/rstan/include" \
-DEIGEN_NO_DEBUG  -DBOOST_DISABLE_ASSERTS  \
-DBOOST_PENDING_INTEGER_LOG2_HPP  -DSTAN_THREADS  -DBOOST_NO_AUTO_PTR  \
-include '/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/include/stan/math/prim/mat/fun/Eigen.hpp' \
 -D_REENTRANT -DRCPP_PARALLEL_USE_TBB=1   -I/usr/local/include   -fpic  \
-O3 -march=native -mtune=native -fPIC \
-c filef8256c0e3305.cpp -o filef8256c0e3305.o
if test  "zfilef8256c0e3305.o" != "z"; then \
  echo g++ -std=gnu++14 -shared -L"/usr/lib64/R/lib" -Wl,-z,relro \
-Wl,--as-needed  -Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld  \
-o filef8256c0e3305.so filef8256c0e3305.o  '/usr/local/lib/R/library/rstan/lib//libStanServices.a' \
-L'/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/lib/' -lStanHeaders \
-L'/usr/local/lib/R/library/RcppParallel/lib/' -ltbb  \
-L"/usr/lib64/R/lib" -lR; \
  g++ -std=gnu++14 -shared -L"/usr/lib64/R/lib" -Wl,-z,relro \
-Wl,--as-needed  -Wl,-z,now -specs=/usr/lib/rpm/redhat/redhat-hardened-ld  -o filef8256c0e3305.so filef8256c0e3305.o \
 '/usr/local/lib/R/library/rstan/lib//libStanServices.a' \
 -L'/usr/local/lib/R/library/StanHeaders/lib/' -lStanHeaders \
-L'/usr/local/lib/R/library/RcppParallel/lib/' -ltbb  \
-L"/usr/lib64/R/lib" -lR; \
fi
Floating point exception

这对我来说似乎很奇怪，因为应该没有这样的错误，因为我没有尝试做任何花哨的事情，只是运行示例模型。我尝试完全重新安装 R，从源代码重新安装 rstan，但是 none 它起作用了。此外，cmdstanr 向我提供了所有 C++ 链和路径都已正确设置的信息。 cmdstanr 的 MCMC 也运行正确，所以问题似乎是 brms 和 rstan 的问题。

部分包裹信息： OS: x86_64 (Fedora 34), linux-gnu;斯坦：2.21.2； RCPP：1.0.6；内联：0.3.17，R 4.0.4

Answer 1

不知道实际问题是什么，但鉴于 cmdstanr 有效，您可以通过

解决您的问题

brms(..., backend="cmdstanr")

参见 here 对 rstan 和 cmdstanr 之间差异的一些讨论：其中

Running Stan via external processes results in fewer unexpected crashes, especially in RStudio.

安装后出现浮点异常 rstan/brms

Floating Point Exception after installing rstan/brms

r

stan

rstan