在circos中使用circos函数

Question

有人可以帮助我吗？如何在我的数据中添加我的 circos 函数？当我尝试时，我收到一条错误消息，但没有产生任何结果我想做一个像表示数字 1 的甜甜圈图，但我有另一个结果，我们可以在另一张图片中看到。正在尝试关注 this guide

我的数据是这样的:

        Name;Integrons_1;Integrons_2;Integrons_3;TEM;SHV;CTX_M;NDM;OXA_48
        HZ1410;1;0;0;1;1;0;1;1
        HZ0411;1;0;0;1;0;0;0;1
        WI1410;1;0;0;1;1;0;0;1
        WI0411;1;0;0;1;0;0;1;0
        FR1410;1;0;0;1;0;0;0;0
        FR0411;0;0;0;1;1;0;0;0
        CN1410;1;0;0;1;1;0;1;0
        CN0411;1;0;0;1;0;0;0;1
        SA0912;0;0;0;0;0;0;0;0
        SA0302;1;0;0;1;0;0;0;0
        BL0912;1;0;0;1;1;0;0;0
        BL0302;1;0;0;1;1;1;0;1
        CSI0912;1;1;0;1;0;0;0;1
        CSI0302;1;0;0;1;1;1;1;1
        CSII0912;1;1;0;1;0;1;1;0
        CSII0302;1;0;0;1;0;0;0;0
        BGI0503;1;1;1;1;1;0;0;0
        BGI0610;1;0;0;1;1;0;0;0
        BGII0503;1;1;1;1;1;0;0;0
        BGII0610;1;0;1;1;1;0;0;0
        BCI0503;1;0;1;1;1;0;1;1
        BCI0610;1;0;1;1;0;0;0;0
        BCII0503;1;0;1;1;1;0;1;0
        BCII0610;1;0;1;1;0;0;0;0
        BDI0503;1;0;0;1;1;0;0;0
        BDI0610;1;1;1;1;1;1;1;0
        BDII0503;1;0;1;1;0;1;0;0
        BDII0610;1;1;1;1;1;1;0;1
        YPI0503;1;0;1;1;0;0;0;0
        YPI0710;1;1;1;1;1;1;0;1
        YPII0503;1;0;1;1;0;0;0;1
        YPII0710;1;1;1;1;1;1;0;0
        YMI0503;1;1;1;1;1;0;1;0
        YMI0710;1;1;1;1;1;1;1;1
        YMII0503;1;1;1;1;1;0;0;1
        YMII0710;1;1;1;1;1;1;1;1
        YSI0503;1;1;0;0;1;0;0;0
        YSI0710;1;1;1;1;1;1;1;1
        YSII0503;1;1;0;1;1;0;0;0
        YSII0710;0;1;1;1;1;0;0;0

我的代码在这里表示：

    #### IMPORT DES DONNEES ####
    nba = read.csv("essai_r.csv", sep=";", header=T)
    #attention : toujours utilise le format csv avec le sep = ";" pour avoir de 
    #beaux tableaux 


    #### INSTALLATION DES LIBRARY ####
    library(reshape)
    library(ggplot2)
    library(plyr)
    library(circlize)


    #### CREATION DES TABLEAUX : FCT MELT ####
    nba$Name <- with(nba, reorder(Name, GES))
    nba.m <- melt(nba)
    #pas utilise car ce n'est pas ce que je veux 
      #nba.m <- ddply(nba.m, .(variable), transform, value = scale(value))

    #### MODIFICATION DES DONNEES : FACTOR -> NUMERIQUES #### 
    # Convert the factor levels to numeric + quanity to determine size of hole.
    nba.m$var2 = as.numeric(nba.m$variable) + 15

    # Labels and breaks need to be added with scale_y_discrete.
    y_labels = levels(nba.m$variable)
    y_breaks = seq_along(y_labels) + 15


    #### CREATION DE LA HEATMAP (DEGRADE DE COULEUR UNIQUEMENT) ####
    p2 = ggplot(nba.m, aes(x=Name, y=var2, fill=value)) +
      geom_tile(colour="black") +
      scale_fill_gradient(low = "beige", high = "red") +
      ylim(c(0, max(nba.m$var2) + 0.5)) 
      scale_y_discrete(breaks=y_breaks, labels=y_labels) +
      coord_polar(theta="x") +
      theme(panel.background=element_blank(),
            axis.title=element_blank(),
            panel.grid=element_blank(),
            axis.text.x=element_blank(),
            axis.ticks=element_blank(),
            axis.text.y=element_text(size=5))

    ggsave(filename="plot_2.png", plot=p2, height=7, width=7)
    #sauvegarde le fichier dans le dossier 
    circos.par(start.degree = 90, gap.degree = 10)

    #### CREATION DE LA HEATMAP BIS (AVEC NOMS DE SITES )
    nba.labs <- subset(nba.m, variable==levels(nba.m$variable)[nlevels(nba.m$variable)])
    nba.labs <- nba.labs[order(nba.labs$Name),]
    nba.labs$ang <- seq(from=(360/nrow(nba.labs))/1.5, to=(1.5*(360/nrow(nba.labs)))-360, length.out=nrow(nba.labs))+80


    nba.labs$hjust <- 0
    nba.labs$hjust[which(nba.labs$ang < -90)] <- 1

    p3 = ggplot(nba.m, aes(x=Name, y=var2, fill=value)) +
      geom_tile(colour="black") +
      geom_text(data=nba.labs, aes(x=Name, y=var2+1.5,
                                   label=Name, angle=ang, hjust=hjust), size=3) +
      scale_fill_gradient(low = "beige", high = "steelblue") +
      ylim(c(0, max(nba.m$var2) + 1.5)) +
      scale_y_discrete(breaks=y_breaks, labels=y_labels) +
      coord_polar(theta="x") +
      theme(panel.background=element_blank(),
            axis.title=element_blank(),
            panel.grid=element_blank(),
            axis.text.x=element_blank(),
            axis.ticks=element_blank(),
            axis.text.y=element_text(size=5))
    nba.labs$ang[which(nba.labs$ang < -90)] <- (180+nba.labs$ang)[which(nba.labs$ang < -90)]

    #### Representation graphique ####
    p3

Answer 1

您的示例数据与您在此问题和之前的问题中使用的“nba”示例有很大不同。这就是你遇到这么多麻烦的原因。以下是可视化实际数据的三种方法：

1.) Tidyverse geom_tile() 方法：

library(tidyverse)
#install.packages("vroom")
library(vroom)
#install.packages("ggrepel")
library(ggrepel)

df <- vroom(file = "example.txt")

df %>% 
  pivot_longer(cols = -c(Name), names_to = "category") %>% 
  ggplot(aes(x = Name, y = category, fill = value)) +
  geom_tile(colour = "white") +
  geom_text(aes(label = ifelse(Name == "BCI0503", category, "")),
            nudge_x = -0.5) +
  geom_text_repel(aes(label = ifelse(category == "TEM", Name, "")),
                  nudge_y = 2) +
  scale_fill_gradient(low = "beige", high = "red", breaks = c(0, 1)) +
  coord_polar(theta="x") +
  theme_void()

这看起来不太好 - 您可以在中间打一个“洞”，但我认为这种类型的图不适合您的数据。

2.) Circlize 马戏图

#install.packages("circlize")
library(circlize)

mat = data.matrix(df)[,2:9]
rownames(mat) <- df$Name
col_fun1 = colorRamp2(c(0, 1), c("beige", "red"))
circos.par(gap.after = c(20))
circos.heatmap(mat, col = col_fun1,
               rownames.side = "outside",
               track.height = 0.4)
circos.track(track.index = get.current.track.index(),
             panel.fun = function(x, y) {
  if(CELL_META$sector.numeric.index == 1) { # the last sector
    cn = colnames(mat)
    n = length(cn)
    circos.text(rep(CELL_META$cell.xlim[2], n) + convert_x(1, "mm"), 
                1:n - 0.5, cn, 
                cex = 0.5, adj = c(0, 0.5), facing = "inside")
  }
}, bg.border = NA)

这更好，但仍然不是很好。我认为问题在于您的“计数”是 0 或 1 - 我认为另一种方法更适合此类数据：UpSetR plots

3.) UpSetR plot

#install.packages("UpSetR")
library(UpSetR)

df_int <- df %>% 
  mutate(across(c(2:9), as.integer)) %>% 
  as.data.frame()

upset(df_int, order.by = "freq", sets.bar.color = "#56B4E9")

这就是我对此类数据的可视化方式，但显然这取决于您最终想要如何描绘它。

如果您在最初的问题中包含了实际数据的样本，那么这个答案将花费大约 10 分钟而不是一个小时。请在以后的问题中确保您的示例数据集与您的实际数据准确匹配。

在circos中使用circos函数

Use circos function in circos

r

ggplot2

circos