函数中的 Subprocess.call() 不会暂停调用该函数的脚本

Question

我查看并找到了解决方案，尝试了它们并得到了相同的结果。我尝试使用 Popen.wait()、run() 和 call()。正如其他用户所建议的那样，我也尝试将命令作为字符串列表传递。没用。子进程调用不会出错，所以这不是问题。

函数如下：

def blast(file):
    command = f'blastn -query {output_path}fasta_files/{file} -db {db_path} -max_hsps 1 -max_target_seqs 40 -num_threads 4 -evalue 1e-5 ' \
              f'-out {output_path}blast/{file[:-2]}txt -outfmt "6 qseqid sseqid pident staxids sskingdoms qstart qend ' \
              f'qlen length sstart send slen evalue mismatch gapopen bitscore stitle"'
    subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, shell=True).wait()

函数调用如下：

import blastn
from process_blast_output import *
from remove_false_sequences import *
import os

directory = '/some/path/'


if __name__ == '__main__':
    for file in os.listdir(directory + 'fasta_files'):
        if 'btcaA1_trimmed' in file:
            blastn.blast(f'{file}') # That's where the function is called
            dataframe = get_dataframe(directory + f'blast/{file[:-2]}txt')
            dataframe = get_taxonomic_data(dataframe)
            delete_false_hits(fasta_to_dictionary(dataframe), directory + f'fasta_files/{file[:-2]}fa')

我没有传递字符串，而是尝试传递列表：

subprocess.Popen(['blastn', '-query', f'{output_path}fasta_files/{file}', '-db', f'{db_path}', '-max_hsps', '1',
                  '-max_target_seqs', '40', '-num_threads', '4', '-evalue', '1e-5', '-out',
                  f'{output_path}blast/{file[:-2]}txt', '-outfmt', "6 qseqid sseqid pident staxids sskingdoms "
                                                                   "qstart qend qlen length sstart send slen evalue"
                                                                   " mismatch gapopen bitscore stitle"],
                 stdout=subprocess.PIPE).wait()

Answer 1

可能实际问题是您设置了 stdout=subprocess.PIPE 但随后忽略了输出。如果要丢弃任何输出，请使用 stdout=subprocess.DEVNULL；如果要让子进程正常写入标准输出，根本不设置stdout即可。

是否使用 shell=True（以及由 shell 解析的单个字符串组成的第一个参数）或不使用（在这种情况下，第一个参数应该是正确标记化字符串的列表) 与是否等待子进程无关。

您通常应该避免 Popen，它默认不等待。 subprocess.run() 及其遗留堂兄弟 check_call() 等。等待外部子进程。

一般来说，如果可以的话，可能会避免 shell=True。

def blast(file):
    subprocess.run(
        ['blastn', '-query,' f'{output_path}fasta_files/{file}',
          '-db', db_path, '-max_hsps', '1', '-max_target_seqs', '40',
          '-num_threads', '4', '-evalue', '1e-5 ',
          '-out', f'{output_path}blast/{file[:-2]}txt',
          '-outfmt' "6 qseqid sseqid pident staxids sskingdoms qstart qend "
                    "qlen length sstart send slen evalue mismatch gapopen "
                    "bitscore stitle"],
    stdout=subprocess.DEVNULL, check=True)

您创建的子进程将被等待，但它当然仍然有可能创建自己的分离子进程，如果子进程对调用者隐藏它，Python 不能直接等待。

顺便说一句，您的 if __name__ == '__main__' 代码应该很简单；如果你把所有有用的代码都放在这个块中，无论如何这个文件都不可能对 import 有用到另一个脚本中，所以整个 __name__ 检查是没有意义的。这样做的目的是让你可以说

def useful_code():
    # lots of code here

if __name__ == '__main__':
    useful_code()

现在，如果您 python scriptname.py，那么 __name__ 将是 __main__，因此对 useful_code() 的调用将立即执行。但是，如果你 import scriptname（假设你已经设置好了，你可以使用正确的 sys.path 等等）这不会导致 useful_code 成为运行立即地;相反，调用者决定他们是否以及何时真正想要运行这个函数（或者模块中的其他函数，如果它包含多个）。

此外，f'{file}' 只是一种非常笨拙的说法 file（或者 str(file) 如果变量不是字符串）。

函数中的 Subprocess.call() 不会暂停调用该函数的脚本

Subprocess.call() in a function doesn't pause the script that calls the function

python

subprocess

popen

blast