SimpleHypergraphs.jl - 从文本文件加载超图

Question

我正在使用 SimpleHypergraphs.jl 库并尝试从文本文件（例如 csv）构建超图。

例如，我想像这样从 csv 文件加载超图：

0.0, 7.0, 0.0, 0.0
1.3, 2.8, 4.5, 0.0
0.0, 1.3, 3.1, 4.2
1.2, 0.0, 5.6, 5.0

using SimpleHypergraphs
using CSV

df = CSV.read("edge_weights.csv", DataFrame)
m = Matrix{Float64}(df)
h = Hypergraph(m)

我收到以下错误： “错误：MethodError：没有方法匹配 Hypergraph(::Matrix{Float64})”

我是 Julia 的新手，我非常希望能举个例子来说明我是如何做到这一点的。谢谢！

Answer 1

作为 Hypergraph 构造函数传递的矩阵应具有 Union{Nothing, T} 类型的元素，其中 T 是某种数字类型（例如 Matrix{Union{Float64,Nothing}} 而不仅仅是一个Matrix{Float64}.

在SimpleHypegraphs.jl中，我们使用nothing（而不是0）来表示顶点不属于超边，因为在许多超图中algorithms/applications它是一个顶点可能属于一个零权重的超边。

因此您可以使用以下代码读取您的文件（为了可重复性，我将文件内容放入文本变量中）：

using DataFrames, CSV, SimpleHypergraphs

txt = """0.0, 7.0, 0.0, 0.0
1.3, 2.8, 4.5, 0.0
0.0, 1.3, 3.1, 4.2
1.2, 0.0, 5.6, 5.0"""

df = CSV.read(IOBuffer(txt), DataFrame;header=0)

mat = Matrix{Union{Float64,Nothing}}(df)

现在可以轻松地将此矩阵用作 Hypergraph 构造函数。

julia> h1 = Hypergraph(mat)
4×4 Hypergraph{Float64, Nothing, Nothing, Dict{Int64, Float64}}:
 0.0  7.0  0.0  0.0
 1.3  2.8  4.5  0.0
 0.0  1.3  3.1  4.2
 1.2  0.0  5.6  5.0

但是，这可能不是您所需要的，因为零 (0.0) 表示顶点属于权重为零的超边的情况：

draw(h1, HyperNetX)

因此，您可能实际上想要将零转换为 nothings 以表示顶点不属于超边的情况：

h2 = Hypergraph(replace(mat, 0 => nothing))

现在你得到了你想要的：

draw(h2, HyperNetX)

SimpleHypergraphs.jl - 从文本文件加载超图

SimpleHypergraphs.jl - loading hypergraph from text file

julia

network-analysis

hypergraph