使用 statsmodel (pandas/matplotlib) 在散点图上绘制 p 值

Question

我需要帮助将 p 值添加到我的图形中，但我遇到了三个问题。 1) 每当我使用 statsmodel 计算 p-values 时，我得到两个 p-values，一个用于“截距”，一个用于 y 变量（这是我想要绘制的） . 2) 我正在使用循环一次创建多个图形。 3) 我不知道如何隔离我想要绘制的特定 p-value，因为当我打印 p 值时，它显示了我正在准备的每个图形的两个 p-values。如果您想了解我对这两个 p-values:

的意思，这是我的代码

###(this is sample data in case you are trying to recreate the code)
import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import statsmodels.formula.api as smf
import statsmodels.api as sm

dpm=pd.DataFrame({'pm10_3135_2018':[30,34,32,44,45,46,59,54,59,30],
'nox_3135(ppb)':[20,29,27,31,33,33,34,23,32,31],
'CO_3135(ppm)':[0.8,0.9,0.1,0.2,0.5,0.5,0.7,0.8,0.9,0.3],
'O3_mda8_3135':[42,45,47,51,52,52,57,67,69,70],
'pm25_3135_2018':[6,7,6,7,4,5,2,11,9,18]})

##PM2.5 vs variables - whole year

dpm = dpm.reset_index()

x = [dpm.pm10_3135_2018,dpm['nox_3135(ppb)'],dpm['CO_3135(ppm)'],dpm.O3_mda8_3135]
y = dpm.pm25_3135_2018
xlab = ["PM10 (ug/m^3)", "NOx (ppb)", "CO (ppm)", "O3 MDA8 (ppb)"]
fnames = ['NOMR2_PM10vsPM25_yr_2018.png','NOMR2_NOxvsPM25_yr_2018.png','NOMR2_COvsPM25_yr_2018.png','NOMR2_O3vsPM25_yr_2018.png']

for xcol,lab,fname in zip(x,xlab,fnames):

    correlation_matrix1 = np.corrcoef(xcol, y)
    correlation_xy1 = correlation_matrix1[0,1]
    R2_1 = correlation_xy1**2
    m, b = np.polyfit(xcol,y,1)
    equation = 'y = ' + str(round(m,4)) + 'x' ' + ' + str(round(b,4))
    R2 = '$R^2$ =' + str(round(R2_1,3))
    fig, ax = plt.subplots()
    ax.plot(xcol, y, color='xkcd:red',linestyle='None',marker='o')
    ax.set_xlabel(lab,fontsize=15)
    ax.set_ylabel('PM2.5 (ug/m^3)',fontsize=15)
    ax.set_ylim(0,)
    ax.set_xlim(0,)
    plt.text(0.75, 0.65, equation, horizontalalignment='center',
             verticalalignment='center',
             transform=ax.transAxes)
    plt.text(0.7, 0.6, R2, horizontalalignment='center',
         verticalalignment='center',
         transform=ax.transAxes)
    model = smf.ols('xcol ~ y', data=dpm).fit()
    print(model.summary())
    print(model.pvalues)

对于代码的下一部分，我有这个，但我需要一种方法来从 statsmodel 函数调用 y 变量 p-values 并创建一个新变量 P 表示那些 p-values，然后在图上绘制 P，但我不知道该怎么做。 （免责声明，这不是我的实际数据，因此数据点之间没有太多相关性，但过程是相同的）。

plt.text(0.7, 0.55, P, horizontalalignment='center',
     verticalalignment='center',
     transform=ax.transAxes)

fig.tight_layout()
#plt.savefig(fname)

Answer 1

model.pvalues 是一个 pandas 系列（即检查 type(model.pvalues) 所以如果你想提取 y 的 p 值，那么你简单地做

model.pvalues['y']

要将 p 值添加到您的图中，您可以添加：

print(model.pvalues)
plt.text(0.7, 0.8, "y p-values: %.2f" %(model.pvalues['y']), horizontalalignment='center',
     verticalalignment='center',
     transform=ax.transAxes)

我在其中添加了一些文本格式 "y p-value.." 以使您在绘图上绘制的内容更加清晰。

这是完整的循环：

for xcol,lab,fname in zip(x,xlab,fnames):

    correlation_matrix1 = np.corrcoef(xcol, y)
    correlation_xy1 = correlation_matrix1[0,1]
    R2_1 = correlation_xy1**2
    m, b = np.polyfit(xcol,y,1)
    equation = 'y = ' + str(round(m,4)) + 'x' ' + ' + str(round(b,4))
    R2 = '$R^2$ =' + str(round(R2_1,3))
    fig, ax = plt.subplots()
    ax.plot(xcol, y, color='xkcd:red',linestyle='None',marker='o')
    ax.set_xlabel(lab,fontsize=15)
    ax.set_ylabel('PM2.5 (ug/m^3)',fontsize=15)
    ax.set_ylim(0,)
    ax.set_xlim(0,)
    plt.text(0.75, 0.65, equation, horizontalalignment='center',
             verticalalignment='center',
             transform=ax.transAxes)
    plt.text(0.7, 0.6, R2, horizontalalignment='center',
         verticalalignment='center',
         transform=ax.transAxes)
    model = smf.ols('xcol ~ y', data=dpm).fit()
    print(model.summary())
    print(model.pvalues)

    #added code:
    plt.text(0.7, 0.8, "y p-values: %.2f" %(model.pvalues['y']), horizontalalignment='center',
         verticalalignment='center',
         transform=ax.transAxes)

此外，如果我正确地解释了您的代码、注释和标准统计信息，那么您的公式应该是

model = smf.ols('y ~ xcol', data=dpm).fit()

在这种情况下，您希望提取 x 变量的 p 值，因此您将上述代码修改为 model.pvalues[xcol]

使用 statsmodel (pandas/matplotlib) 在散点图上绘制 p 值

plot p value on scatter plot using statsmodel (pandas/matplotlib)

python

pandas

matplotlib

statsmodels

p-value