AttributeError: 'Dataset' object has no attribute 'value'

Question

我在使用包读取 hdf5 文件时遇到此错误:

dataset.value

错误：

Traceback (most recent call last):
  File "train.py", line 163, in <module>
    train(0, False, args.gpu_list, args.model_path)
  File "train.py", line 76, in train
    dataset = Ani1Dataset(dir_path='/data/ANI-1_release')
  File "/code/ani1dataset.py", line 16, in __init__
    self.parse(dir_path)
  File "/code/ani1dataset.py", line 32, in parse
    for molecule in adl:
  File "/code/pyanitools.py", line 75, in __iter__
    for data in self.h5py_dataset_iterator(self.store):
  File "/code/pyanitools.py", line 71, in h5py_dataset_iterator
    yield from self.h5py_dataset_iterator(item, path)
  File "/code/pyanitools.py", line 60, in h5py_dataset_iterator
    dataset = np.array(item[k].value)
AttributeError: 'Dataset' object has no attribute 'value'

Answer 1

dataset.value 属性已弃用。要么使用：

dataset[()]

或降级 h5py 以使用旧语法：

pip3 install --upgrade pip && pip3 install h5py=='2.9.0'

Answer 2

是的，.value 已经弃用一段时间了。正如我在上面的评论中提到的，如果没有令人信服的理由，我不会降级到 h5py 2.9.0。它于2014年发布。目前的h5py版本是3.2，支持最新的HDF5格式，并有许多增强和错误修正。

有两种主要方法可以使用 h5py 访问 HDF5 数据。简而言之，您可以：

1. Return 一个 h5py 数据集对象。数据集对象的行为“就好像”它是一个数组，但在需要时才会将数据加载到内存中。
2. Return 一个 NumPy 数组。这会立即将数据加载到内存中。

Complete h5py dataset documentation here:
以下每个示例：

with h5py.File('filename.h5','r') as h5f:
    # return a h5py dataset object:
    my_ds_obj = h5f[ds_name]
    # return a h5py dataset object:
    my_ds_arr = h5f[ds_name][:]

此外，如果您只想读取部分数据，h5py 支持大多数 NumPy 切片语法，包括花式索引的子集。 h5py fancy indexing doc