R中pcpr2包的Datamatrix格式问题

Question

我一直在尝试使用以下教程运行 pcpr2 包：https://github.com/JoeRothwell/pcpr2

此包的数据可在 link: https://github.com/JoeRothwell/pcpr2/raw/master/data/PCPR2data.RData

我的数据矩阵文件是：https://github.com/dtonmoy/PCPR2-data/blob/main/test_matrix.csv

我的元数据文件是：https://github.com/dtonmoy/PCPR2-data/blob/main/test_trait.csv

我的代码:

transcripts <- read.csv("test_matrix.csv", row.names = 1)

Z_metadata <- read.csv("test_trait.csv")

output <- runPCPR2(transcripts , Z_metadata, pct.threshold = 0.8)

每次我尝试使用我的数据运行 pcpr2 包中的代码时，我都会收到以下错误：

Error in runPCPR2(transcripts, Z_metadata, pct.threshold = 0.8) : 
  is.numeric(X_DataMatrix) is not TRUE

我尝试通过以下命令将我的数据矩阵转换为数字格式：

transcripts  = lapply(transcripts , as.double) 

transcripts  = do.call("cbind", transcripts)

但是，这也不起作用。我收到另一条错误消息：

Error in solve.default(crossprod(model.matrix(mod))) : 
  Lapack routine dgesv: system is exactly singular: U[15,15] = 0

我可以看出我的数据矩阵格式有问题，因为数据类型和 class 与教程中使用的不同。但是，我不明白如何解决这个问题。我们将不胜感激任何形式的帮助。

Answer 1

导入test_matrix数据集时要小心（有行名，应该是矩阵）：

transcripts=as.matrix(read.csv("https://raw.githubusercontent.com/dtonmoy/PCPR2-data/main/test_matrix.csv",row.names=1))
Z_metadata=read.csv("https://raw.githubusercontent.com/dtonmoy/PCPR2-data/main/test_trait.csv")

output <- runPCPR2(transcripts , Z_metadata, pct.threshold = 0.8)

R中pcpr2包的Datamatrix格式问题

Datamatrix format problem in the pcpr2 package in R

double

metadata

r

dataframe

datamatrix