Conda:如何从日志(不是 yaml)向环境添加包?

Conda: how to add packages to environment from log (not yaml)?

我正在实习(= 是的,我是新手)。我的主管告诉我要创建一个 conda 环境。她给了我一个包含许多包的日志文件。

快速 qwant.com 搜索显示 how to 通过

创建环境
conda env create --file env_file.yaml

我得到的文件不是 yaml 文件,它的结构如下:

# packages in environment at /home/supervisors_name/.conda/envs/pancancer:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                        main
bedtools                  2.29.2               hc088bd4_0    bioconda
blas                      1.0                         mkl
bzip2                     1.0.8                h7b6447c_0

文件包含 41 个包 = 44 行,包括上面的注释。为了简单起见,我只展示了前 7 个。

  1. Appart 添加 env name(- 见下面的 2)有没有办法使用文件 因为它 是用包生成环境?

我运行命令使用

conda env create --file supervisors.log.txt

SpecNotFound: Environment with requirements.txt file needs a name
  1. 我应该把名字放在文件的什么地方?

好吧,看来他们给你的是 conda list 的输出,而不是 conda 使用 conda env export > myenv.yml 生成的 .yml 文件。因此你有两个解决方案:

  1. 您要求正确的文件,然后使用 conda 内置管道继续安装环境

  2. 如果您没有适当文件的任何访问权限,您可以执行以下操作之一:

    i) 用 python 解析成合适的 .yml 文件,然后执行 conda 程序。

    ii) 执行 bash 脚本,下载她给你的文件中列出的软件包。

这就是我个人的做法:)