Conda:如何从日志(不是 yaml)向环境添加包?
Conda: how to add packages to environment from log (not yaml)?
我正在实习(= 是的,我是新手)。我的主管告诉我要创建一个 conda 环境。她给了我一个包含许多包的日志文件。
快速 qwant.com 搜索显示 how to 通过
创建环境
conda env create --file env_file.yaml
我得到的文件不是 yaml 文件,它的结构如下:
# packages in environment at /home/supervisors_name/.conda/envs/pancancer:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex 0.1 main
bedtools 2.29.2 hc088bd4_0 bioconda
blas 1.0 mkl
bzip2 1.0.8 h7b6447c_0
文件包含 41 个包 = 44 行,包括上面的注释。为了简单起见,我只展示了前 7 个。
- Appart 添加
env name
(- 见下面的 2)有没有办法使用文件 因为它 是用包生成环境?
我运行命令使用
conda env create --file supervisors.log.txt
SpecNotFound: Environment with requirements.txt file needs a name
- 我应该把名字放在文件的什么地方?
好吧,看来他们给你的是 conda list
的输出,而不是 conda 使用 conda env export > myenv.yml
生成的 .yml 文件。因此你有两个解决方案:
您要求正确的文件,然后使用 conda 内置管道继续安装环境
如果您没有适当文件的任何访问权限,您可以执行以下操作之一:
i) 用 python 解析成合适的 .yml 文件,然后执行 conda 程序。
ii) 执行 bash 脚本,下载她给你的文件中列出的软件包。
这就是我个人的做法:)
我正在实习(= 是的,我是新手)。我的主管告诉我要创建一个 conda 环境。她给了我一个包含许多包的日志文件。
快速 qwant.com 搜索显示 how to 通过
创建环境conda env create --file env_file.yaml
我得到的文件不是 yaml 文件,它的结构如下:
# packages in environment at /home/supervisors_name/.conda/envs/pancancer:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex 0.1 main
bedtools 2.29.2 hc088bd4_0 bioconda
blas 1.0 mkl
bzip2 1.0.8 h7b6447c_0
文件包含 41 个包 = 44 行,包括上面的注释。为了简单起见,我只展示了前 7 个。
- Appart 添加
env name
(- 见下面的 2)有没有办法使用文件 因为它 是用包生成环境?
我运行命令使用
conda env create --file supervisors.log.txt
SpecNotFound: Environment with requirements.txt file needs a name
- 我应该把名字放在文件的什么地方?
好吧,看来他们给你的是 conda list
的输出,而不是 conda 使用 conda env export > myenv.yml
生成的 .yml 文件。因此你有两个解决方案:
您要求正确的文件,然后使用 conda 内置管道继续安装环境
如果您没有适当文件的任何访问权限,您可以执行以下操作之一:
i) 用 python 解析成合适的 .yml 文件,然后执行 conda 程序。
ii) 执行 bash 脚本,下载她给你的文件中列出的软件包。
这就是我个人的做法:)