如何使用flowCore模拟R中flowjo的直方图？
how to mimic histogram plot from flowjo in R using flowCore?
我是 flowCore + R 的新手。我想在门控后模拟直方图，可以在 FlowJo 软件中手动完成。我得到了类似的东西，但它看起来不太正确，因为它是一个“密度”图并且被移动了。如何让 x 轴移动并看起来与 FlowJo 输出绘图的方式相似？我尝试阅读此文档，但找不到与 FlowJo 中的类似的情节：howtoflowcore 感谢任何指导。谢谢
代码片段：
library(flowCore)
parentpath <- "/parent/path"
subfolder <- "Sample 1"
fcs_files <- list.files(paste0(parentpath, subfolder), pattern = ".fcs")
fs <- read.flowSet(fcs_files)
rect.g <- rectangleGate(filterId = "main",list("FSC-A" = c(1e5, 2e5), "SSC-A" = c(3e4,1e5)))
fs_sub <- Subset(fs, rect.g)
p <- ggcyto(fs_sub[[15]], aes(x= `UV-379-A`)) +
geom_density(fill='black', alpha = 0.4) +
ggcyto_par_set(limits = list(x = c(-1e3, 5e4), y = c(0, 6e-5)))
p
FlowJo 输出：
R FlowCore 输出：
“偏移”的原因是 flowJo 图中的 x 轴是对数的（以 10 为底）。要在 R 中获得相同的结果，请添加
+ scale_x_log10()
在现有代码之后。这可能会与您设置的轴限制发生奇怪的相互作用，因此请牢记这一点。
要使 y 轴“计数”而不是密度，您可以将 ggcyto() 调用的第一行更改为：
aes(x= `UV-379-A`, y = after_stat(count))
让我知道这是否有效 - 我手上没有您的数据，所以这些都是凭记忆！
对于任何纯粹的审美变化，都比较容易look up。
我是 flowCore + R 的新手。我想在门控后模拟直方图，可以在 FlowJo 软件中手动完成。我得到了类似的东西，但它看起来不太正确，因为它是一个“密度”图并且被移动了。如何让 x 轴移动并看起来与 FlowJo 输出绘图的方式相似？我尝试阅读此文档，但找不到与 FlowJo 中的类似的情节：howtoflowcore 感谢任何指导。谢谢
代码片段：
library(flowCore)
parentpath <- "/parent/path"
subfolder <- "Sample 1"
fcs_files <- list.files(paste0(parentpath, subfolder), pattern = ".fcs")
fs <- read.flowSet(fcs_files)
rect.g <- rectangleGate(filterId = "main",list("FSC-A" = c(1e5, 2e5), "SSC-A" = c(3e4,1e5)))
fs_sub <- Subset(fs, rect.g)
p <- ggcyto(fs_sub[[15]], aes(x= `UV-379-A`)) +
geom_density(fill='black', alpha = 0.4) +
ggcyto_par_set(limits = list(x = c(-1e3, 5e4), y = c(0, 6e-5)))
p
FlowJo 输出：
R FlowCore 输出：
“偏移”的原因是 flowJo 图中的 x 轴是对数的（以 10 为底）。要在 R 中获得相同的结果，请添加
+ scale_x_log10()
在现有代码之后。这可能会与您设置的轴限制发生奇怪的相互作用，因此请牢记这一点。
要使 y 轴“计数”而不是密度，您可以将 ggcyto() 调用的第一行更改为：
aes(x= `UV-379-A`, y = after_stat(count))
让我知道这是否有效 - 我手上没有您的数据，所以这些都是凭记忆！
对于任何纯粹的审美变化，都比较容易look up。