`在 Rmarkdown 中导入 pandas`：在控制台中工作，但不编织

Question

我正在尝试在 RStudio 的 Rmarkdown 文件中编写 Python 代码。一般来说，它工作正常。我可以编写代码块并完美地编织它们。我还可以导入和使用包：任何使用 numpy 或 math 运行的东西，编织得很好。

尽管能够运行编织使用其他包的代码块，但当文件包含使用 pandas 的块时我似乎无法编织文件。我可以运行这些块并获得预期的输出。一个最小的例子就是：

import pandas as pd

哪个returns（预期）输出：

Python 3.9.4 (/usr/local/bin/python3)
Reticulate 1.20.9000 REPL -- A Python interpreter in R.

（我也可以使用 pandas 函数运行代码块。）

问题是，当我编织时，出现错误：

Error in py_call_impl(callable, dots$args, dots$keywords) : ModuleNotFoundError: No module named 'pandas' Detailed traceback: File "<string>", line 1, in <module> File "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/reticulate/python/rpytools/loader.py", line 44, in _import_hook level=level Calls: <Anonymous> ... py_capture_output -> force -> <Anonymous> -> py_call_impl Execution halted

我不明白为什么我能够运行这些代码块，但不能 knit 它们。

感谢您的帮助！

Answer 1

您的 Rmarkdown 文件看起来与这个简单示例有点相似吗？

---
title: "Untitled"
author: "User"
date: "5/6/2021"
output: html_document
---

    
```{r setup, include=FALSE}
library(reticulate)
```
    
```{python}
import pandas as pd
iris = pd.read_csv('https://raw.githubusercontent.com/mwaskom/seaborn-data/master/iris.csv')
iris
```

你还是报错？有时您可能需要重新安装 pip 包，通常 pip3 install pandas 有效，您也可以在 library(reticulate) 下的 r 块中添加 py_install("pandas") 以安装 pandas 以帮助它正确呈现.有时做简单的例子有助于将问题分解成更小的块

`在 Rmarkdown 中导入 pandas`：在控制台中工作，但不编织

`import pandas` in Rmarkdown: works in the console, but doesn't knit

python

r

pandas

r-markdown

reticulate