如何在 NMDS 排序中绘制超过 2 个维度？

Question

我想为 NMDS 图绘制比 1 和 2 更多的维度。我该怎么做？

Example:
#install.packages("vegan")
library(vegan)
set.seed(2)
community_matrix=matrix(
  sample(1:100,300,replace=T),nrow=10,
  dimnames=list(paste("community",1:10,sep=""),paste("sp",1:30,sep="")))

example_NMDS=metaMDS(community_matrix, # Our community-by-species matrix
                     k=3) # Set to 3 dimensions

示例来自 https://jonlefcheck.net/2012/10/24/nmds-tutorial-in-r/

我读到可以通过指定 ,2,3 来绘制更多维度。但是没用

plot(example_NMDS,2,3). Any suggestions? Thanks! :)

Answer 1

您需要提供参数 choices = ，参见 help page :

plot(example_NMDS,choices=2:3)

如何在 NMDS 排序中绘制超过 2 个维度？

How to plot more than 2 dimensions in NMDS ordination?

r

vegan