如何将平均线添加到 seaborn stripplot 或 swarmplot

Question

我有一个带有垂直数据的相当简单的带状图。

planets = sns.load_dataset("planets")
sns.stripplot(x="method", y="distance", data=planets, size=4, color=".7")
plt.xticks(rotation=45, ha="right")
plt.show()

我想将每个 x 元素 (method) 的平均值绘制为一个小的水平条，类似于您得到的结果：

sns.boxplot(
    x="method",
    y="distance",
    data=planets,
    whis=[50, 50],
    showfliers=False,
    showbox=False,
    showcaps=False
)

但是没有第一/第三四分位数的垂直线（whis=[50,50] 只是点）并且显示平均值而不是中位数。也许有一个不涉及箱线图的更优雅的解决方案。

提前致谢。

Answer 1

Boxplot 对象在 matplotlib.pyplot.boxplot 中定义
- showmeans=True
- meanline=True 画一条线而不是标记
- meanprops={'color': 'k', 'ls': '-', 'lw': 2} 设置线条的颜色、样式和宽度。
  - 有关其他线路属性，请参阅 matplotlib.lines.Line2D。
- medianprops={'visible': False} 使中线不可见
- whiskerprops={'visible': False} 使胡须线不可见
- zorder=10把线放在顶层
在 matplotlib v3.4.2 和 seaborn v0.11.1

import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

# load the dataset
planets = sns.load_dataset("planets")

p = sns.stripplot(x="method", y="distance", data=planets, size=4, color=".7")
plt.xticks(rotation=45, ha="right")
p.set(yscale='log')

# plot the mean line
sns.boxplot(showmeans=True,
            meanline=True,
            meanprops={'color': 'k', 'ls': '-', 'lw': 2},
            medianprops={'visible': False},
            whiskerprops={'visible': False},
            zorder=10,
            x="method",
            y="distance",
            data=planets,
            showfliers=False,
            showbox=False,
            showcaps=False,
            ax=p)
plt.show()

与 seaborn.swarmplot

Answer 2

这是一个使用 ax.hlines 并使用 groupby 求均值和列表理解的解决方案：

import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

# load the dataset
planets = sns.load_dataset("planets")

p = sns.stripplot(x="method", y="distance", data=planets, size=4, color=".7", zorder=1)
plt.xticks(rotation=45, ha="right")
p.set(yscale='log');

df_mean = planets.groupby('method', sort=False)['distance'].mean()
_ = [p.hlines(y, i-.25, i+.25, zorder=2) for i, y in df_mean.reset_index()['distance'].items()]

输出：

Answer 3

这是另一个类似于箱线图想法但需要较少覆盖的 hack：绘制一个 pointplot 但置信区间宽度为 0，并激活错误栏“上限”以获得一条水平线参数化宽度：

planets = sns.load_dataset("planets")
spec = dict(x="method", y="distance", data=planets)
sns.stripplot(**spec, size=4, color=".7")
sns.pointplot(**spec, join=False, ci=0, capsize=.7, scale=0)
plt.xticks(rotation=45, ha="right")

这里明显的一个缺点是，对于具有单一观察的组，引导会被跳过，所以你不会在那里得到平均线。这在实际应用中可能是也可能不是问题。

另一个技巧是自己分组，然后用非常宽的垂直线标记绘制散点图：

planets = sns.load_dataset("planets")
variables = dict(x="method", y="distance")
sns.stripplot(data=planets, **variables, size=4, color=".7")
sns.scatterplot(
    data=planets.groupby("method")["distance"].mean().reset_index(),
    **variables, marker="|", s=2, linewidth=25
)
plt.xticks(rotation=45, ha="right")

如何将平均线添加到 seaborn stripplot 或 swarmplot

How to add a mean line to a seaborn stripplot or swarmplot

python

matplotlib

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