如何使用结构掩蔽仅修改选定的原子？

Question

我想修改满足特定条件的原子的位置。

目前，我可以将翻译应用于所有原子或一个原子，但不能应用于多个选定原子。

from pyiron import Project
pr = Project('test')
uc = pr.create_ase_bulk('Fe',cubic=True)
uc.set_repeat(2)
shift = [.1,.2,.3]
uc.positions

比如我只想平移Z坐标小于1的原子：

uc[uc.positions[:,2] < 1].positions += shift
uc.positions

既不移动原子也不returns任何错误。

但是，仅翻译一个原子或所有原子都可以正常工作。

uc.positions += shift
uc.positions

uc[0].position += shift
uc[0]

Answer 1

这个应该有效：

uc.positions[uc.positions[:,2] < 1] += shift

原则上，当您使用 positions、cell 等时，使用属性的 setter/getter 总是更安全（而不是 setter/getter Atoms)。我个人使用 Atoms 的 setter 只是为了改变原子种类，例如uc[0] = 'Ni'.

How to use masking with structures to modify only selected atoms?