如何在 Shiny 中使用 heatmaply 包绘制热图？

Question

我正在尝试使用 heatmaply 包来绘制热图并且效果很好。

另一方面，当我尝试在 Shiny 中执行相同的绘图时，它并没有出现在界面中（当我单击“运行 app”时）。但是，当我关闭 window 时，该图突然出现在 R 查看器中。 heatmaply 包是否可能不适用于 Shiny？

这是我在 R 中绘制的代码。

library(heatmaply)
x  <- as.matrix(datasets::mtcars)
rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))

heatmaply(
  x[, -c(8, 9)],
  col_side_colors = rc[1:9],
  showticklabels=FALSE,
  Rowv = TRUE,
  Colv = FALSE
)

这是我在 Shiny 中的代码。

library(shiny)
library(heatmaply)

ui <- fluidPage(

    # Application title
    titlePanel("Heatmap"),

    sidebarLayout(
        sidebarPanel(
            
        ),

        # Show a plot of the generated distribution
        mainPanel(
           plotOutput("distPlot")
        )
    )
)
x  <- as.matrix(datasets::mtcars)
rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))

server <- function(input, output) {

    output$distPlot <- renderPlot({
        heatmaply(
          x[, -c(8, 9)],
          col_side_colors = rc[1:9],
          showticklabels=FALSE,
          Rowv = TRUE,
          Colv = FALSE
        )

     })
}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

我已经尝试了另一个包来获得交互式热图，但它是唯一一个具有我想要的东西的包，因此我需要在这里询问是否有人知道如何在 Shiny 中使用它。

提前致谢，

此致

Answer 1

您可以使用 plotlyOutput 和 renderPlotly :

library(shiny)
library(heatmaply)
library(plotly)

ui <- fluidPage(
  
  # Application title
  titlePanel("Heatmap"),
  
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      
    ),
    
    # Show a plot of the generated distribution
    mainPanel(
      plotlyOutput("distPlot")
    )
  )
)
x  <- as.matrix(datasets::mtcars)
rc <- colorspace::rainbow_hcl(nrow(x))

server <- function(input, output) {
  
  output$distPlot <- renderPlotly({
    heatmaply(
      x[, -c(8, 9)],
      col_side_colors = rc[1:9],
      showticklabels=FALSE,
      Rowv = TRUE,
      Colv = FALSE
    )
    
  })
}

# Run the application 
shinyApp(ui = ui, server = server)

还有一个软件包 shinyHeatmaply，您可能会感兴趣。

如何在 Shiny 中使用 heatmaply 包绘制热图？

How can I plot a heatmap with the heatmaply package in Shiny?

r

shiny

heatmap

heatmaply