使用 R 中的圆头和箭头创建具有设置节点位置和集中边的网络图

Question

我一直在尝试找到一种方法来使用 DiagrammeR/GraphViz 在 R 中复制以下网络图格式，但没有成功（忽略 N1 上的粗黑箭头）：https://i.stack.imgur.com/oHpQz.png

该图是有向图，如果边值为正，则某个方向上的每条边都以箭头 (-->) 结尾，如果边为 circle/odot (--o)值为负。在一对节点（例如 N1 -- A1）之间，可以有一条边 N1 --> A1 和一条边 A1 --o N1，这些需要集中，以便两条边看起来像一条线一端有箭头，另一端有圆头（像这样：o--->）。理想情况下，它们不能平行或看起来像两条边。

另一个要求是节点必须位于非常特定的位置，并在边缘可能发生变化的整个模型模拟过程中保持在那里。根据我的尝试和阅读的文档，这不可能以 DOT 格式进行，但可以以 neato 格式进行。

这是我遇到问题的地方。在 neato 中，我可以通过定义节点的 x、y 位置来将节点准确地对齐到我想要的位置。但是，当我使用 concentrate = true 从两个平行边创建 o---> 边时，只剩下一种类型的箭头。所以应该看起来像 o---> 的边最终看起来像 ---> 或 o---。

这在 DOT 格式中不是问题，因为 concentrate = true 做了我想要它做的事情，但在 DOT 中我无法分配准确的节点位置。我曾尝试使用节点等级来解决这个问题，但运气不佳。它似乎将我想要的节点堆叠在同一等级的不同等级中。同样，concentrate = true 似乎不适用于同一等级内节点之间的边，因为它将它们保留为两个单独的弯曲边 ---> 和 o--- 而不集中它们。

我之所以需要它来工作，是因为我正在运行边缘变化的模型模拟，我需要生成数百个这样的图表。为了便于比较，节点需要保持在同一位置以保持一致性。

这是我使用 neato 格式所能想到的最接近的格式（节点按我想要的方式定位，但它没有显示正确的 o---> 所有黑色边缘减去自身边缘；红色边缘是真实的单向链接）：https://i.stack.imgur.com/YJBY7.jpg

如果只有边缘显示为正确的 o---> 格式，这将非常适合我的需要。如果您知道使用 DiagrammeR/GraphViz 或其他程序解决此问题的任何方法，我将不胜感激。谢谢！

Answer 1

你可能不需要集中注意力。查看 arrowtail 和 dir (https://www.graphviz.org/doc/info/attrs.html#d:arrowtail and https://www.graphviz.org/doc/info/attrs.html#d:dir) 和 neato -n

digraph c {
  graph[label="can neato do the work?"]
  node[shape=circle]
  a [pos="100,100"]
  b [pos="200,100"]
  c [pos="300,100"]
  a->b [dir=both arrowtail=odot]
  c->c [dir=both arrowtail=odot arrowhead=none]
}

给予：

使用 R 中的圆头和箭头创建具有设置节点位置和集中边的网络图

Creating a network graph with set node positions and concentrated edges with both circleheads and arrowheads in R

r

dot

diagrammer

neato

r-graphviz