使用 H5Py 将数据写入 HDF5 文件导致空文件

Question

我正在转换大型数据库以存储在 HDF5 文件中。为了熟悉 H5Py（版本 3.2.1）和 HDF5，我阅读了 docs for H5Py 并编写了一个小脚本，将随机数据存储在 HDF5 文件中，如下所示。

import h5py
import numpy as np


def main():
    f = h5py.File('testFile.hdf5', 'w')
    simBigData = np.random.randint(50, size=(24, 6), dtype=np.int32)
    simSmallData = np.random.randint(50, size=(8, 6), dtype=np.int32)
    simOut = np.random.randint(50, size=(8, 6), dtype=np.int32)
    grp = f.create_group('testGroup')
    dsBigData = grp.create_dataset('bigData', data=simBigData)
    dsSmallData = grp.create_dataset('smallData', data=simSmallData)
    dsOut = grp.create_dataset('out', data=simOut)
    print('HDF5 Data')
    print(f['testGroup/bigData'])
    print(f['testGroup/smallData'])
    print(f['testGroup/out'])
    f.close()


if __name__ == '__main__':
    main()

当我运行这个脚本时，我得到以下输出，所以肯定已经写了一些东西，至少在内存中。

HDF5 Data
<HDF5 dataset "bigData": shape (24, 6), type "<i4">
<HDF5 dataset "smallData": shape (8, 6), type "<i4">
<HDF5 dataset "out": shape (8, 6), type "<i4">

我在我的目录中得到一个大约 5kB 的 HDF5 文件。但是，当我用 HDFView（2.11 版）打开它时，我得到一个空白文件。单击底部的“元数据”选项卡，我得到以下内容，文件中似乎没有显示任何内容：

/ (0)
    Group size = 0
    Number of attributes = 0

如何让 H5Py 正确写入文件？

Answer 1

根据@hpaulj 的评论，我调查了不同的版本。 Ubuntu 存储库中的 HDFView 版本太旧，无法打开生成的 HDF5 文件。切换到 h5dump，我能够验证我的文件结构是否正确写入。

使用 H5Py 将数据写入 HDF5 文件导致空文件

Writing Data to an HDF5 File Using H5Py Results in an Empty File

python

hdf5

h5py