两个不同维度的矩阵之间的相关性

Question

我是 R 的新手。我有两个不同维度的矩阵，C（3 行，79 列）和 T（3 行，215 列）。我希望我的代码计算 C 的第一列与 T 的所有列之间的 Spearman 相关性以及 return 与索引和列的最大相关性。然后，C 的第二列和 T 的所有列，依此类推。事实上，我想找到两个最相关的矩阵之间的列。希望很清楚。我做的是嵌套的for循环，结果不是我搜索的结果

for (i in 1:79){
    for(j in 1:215){
        print(max(cor(C[,i],T[,j],method = c("spearman"))))
  }
}

Answer 1

也许类似下面的函数可以解决问题。

pairwise_cor <- function(x, y, method = "spearman"){
  ix <- seq_len(ncol(x))
  iy <- seq_len(ncol(y))
  t(sapply(ix, function(i){
    m <- sapply(iy, function(j) cor(x[,i], y[,j], method = method))
    setNames(c(i, which.max(m), max(m)), c("col_x", "col_y", "max"))
  }))
}

set.seed(2021)
C <- matrix(rnorm(3*5), nrow=3)
T <- matrix(rnorm(3*7), nrow=3)

pairwise_cor(C, T)
#     col_x col_y max
#[1,]     1     1 1.0
#[2,]     2     2 1.0
#[3,]     3     2 1.0
#[4,]     4     3 0.5
#[5,]     5     5 1.0

Answer 2

您不必遍历列。

x <- cor(C,T,method = c("spearman"))

out <- data.frame(MaxCorr = apply(x,1,max), T_ColIndex=apply(x,1,which.max),C_ColIndex=1:nrow(x))

head(out)

给予，

  MaxCorr T_ColIndex C_ColIndex
1       1          8          1
2       1          1          2
3       1          2          3
4       1          1          4
5       1         11          5
6       1          4          6

假数据：

C <- matrix(rnorm(3*79),nrow=3)
T <- matrix(rnorm(3*215),nrow=3)

两个不同维度的矩阵之间的相关性

Correlation between two matrices of different dimensions

r

correlation