在 ggplot 中使用 log10_trans() 时出错

Question

我有一个包含三列的数据框 testlist：“Time Point”、“G1”和“G2”

我运行这条 ggplot 线，y 轴为“Time point”。

testplot <- ggplot(testlist, aes_string(x = "G1", y = "`Time Point`")) +
  geom_density_ridges_gradient()+
  scale_x_continuous(trans = log10_trans(),#,
                     limits = c(10^1,10^4),
                     breaks = trans_breaks("log10", function(x) 10^x,n = 2))

使用 G1，它运行s 并绘制我的数据。但是，对于 G2，我收到此错误：

Error in if (!(lo <- min(hi, IQR(x)/1.34))) (lo <- hi) || (lo <- abs(x[1L])) ||  : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

数据集G1和G2都是70500左右的连续点，唯一不同的是范围：

G1: -16.34 to 54454
G2: -131.25 to 4675

我认为这与对负数应用变换有关，但两组都有负数。无论是否绘制，我也会收到此警告消息：

In addition: Warning messages:
1: In self$trans$transform(x) : NaNs produced
2: Transformation introduced infinite values in continuous x-axis

如有任何帮助，我们将不胜感激。

EDIT1：我无法举一个最小的例子。我将尝试使用示例进行另一次编辑。

EDIT2：这是 CSV 文件的 link：CSV file

有'Time point'作为y，PEA作为x显示错误； PIA as x 绘制数据图表。

EDIT3：日志函数在数据框中生成 -inf 值，ggplot 不会使用这些值。我会更新 post 最终会做什么。

Answer 1

失败的区别在于一个包含零而另一个不包含零。取负数对数的 NaN 在密度图函数中被移除，但对数为零的 -inf 不是。 ggridges层失败是因为它使用标准差来设置带宽，而向量包含-inf时的标准差为NaN。如果您想使用对数转换，没有理由不删除 negatives/zeros，但如果您将参数 from 和 bandwidth 输入 ggridges，则可以保持原样geom.

在 ggplot 中使用 log10_trans() 时出错

An error when using log10_trans() in ggplot

r

ggplot2

transformation