删除 gheatmap 磁贴之间的 space

Question

我正在用 ggtree 和 gheatmap 创建一棵树。我正在尝试找出如何删除提示图块之间的 space and/or 合并具有相同值的相邻图块。

下面是我使用的代码：

library(ape)
library(tidyverse)
library(ggtree)

tree <- rtree(50)
tree_plot <- ggtree(tree, size = 1, layout = "circular", branch.length = "none")

dummy_data <- data.frame(data = c(rep(1,10),rep(2,10),rep(3,10), rep(4,10), rep(5,10)))
row.names(dummy_data) <- tree$tip.label

gheat_Sensitivity <- gheatmap(p = tree_plot, data=dummy_data, width=0.1, colnames = FALSE) +
new_scale(aes(color = dummy_data)) +
scale_fill_gradientn(colors = c("grey", "yellow"), breaks = c(1, 5.0))

plot(gheat_Sensitivity)

这创建了我想要的树： ggtree plot

不过，我想删除热图图块之间的间距，以便连续查看它。具体来说，我希望具有相同值的相邻图块看起来像一个更大的图块。

非常感谢任何帮助，干杯，汤姆

Answer 1

有点晚了，但是对于遇到同样问题的其他人，您可以将 colour=NA 添加到 gheatmap 调用中，即

gheatmap(p = tree_plot, data=dummy_data, width=0.1, colnames = FALSE, color=NA)

See here - heatmap with the left with the row space, right after using color=NA.

删除 gheatmap 磁贴之间的 space

Remove space between gheatmap tiles

r

heatmap

ggtree