我们如何将 .gr 图形文件转换为 .cm 图形文件？

Question

我正在处理扩展名为 .gr 的图形文件，并遇到了扩展名为 .cm 的相关数据集。我的代码与 .gr 扩展兼容，但我希望使用 .cm 数据集。

问题： 我不明白数据的表示格式，因此无法解析它。在某些文件中甚至有文本而不是数字。

数据集表示蛋白质分子。

问题： 如何将 .cm 文件解析为 .gr 文件以及如何在 .cm 文件中表示数据？

这是描述图表的.cm图表文件之一的内容：

5
8
0
1
7
9
-1  -1  -1  1   
1   -1  -1  
1   -1  
1   

现在如何计算出图中存在的节点数和边数。

这是 .gr 文件扩展名的内容。

p cep 4 3
1 2
1 3
1 4

Answer 1

-1  -1  -1  1   
1   -1  -1  
1   -1  
1  

这看起来像是在描述一个 4 节点图。

但是这个

5
8
0
1
7
9

看起来与 6 个节点的图形有关。

Answer 2

cm文件是簇矩阵文件的缩写，第一个数字表示节点总数。

以下 n 行表示节点的标签（因此是字符串）。

然后矩阵表示在两个节点之间添加边的成本。请注意，矩阵中的第一个单元格（行=0，列=0）表示在节点 n 和节点 n-1 之间添加边的成本。矩阵中的第二个单元格（行=0，列=1）表示在节点 n 和节点 n-2 之间添加边的成本，依此类推。