为文件输入创建 dcg 的一般模式是什么？

Question

我似乎总是在努力编写 DCG 来解析输入文件。不过好像应该很简单吧？有什么提示或技巧可以考虑这个问题吗？

举个具体的例子，假设我想解析一个fasta文件。 (https://en.wikipedia.org/wiki/FASTA_format)。我想阅读每个描述和每个序列的回溯。

:- use_module(library(pio)).
:- use_module(library(dcg/basics)).
:- portray_text(true).
:- set_prolog_flag(double_quotes, codes).
:- set_prolog_flag(back_quotes,string).

fasta_file([]) -->[].
fasta_file([Section|Sections]) -->
   fasta_section(Section),
   fasta_file(Sections).


fasta_section(Section) -->
    fasta_description(Description),
    fasta_seq(Sequence),
    {Section =.. [section,Description,Sequence]}.

fasta_description(Description) -->
    ">",
    string(Description),
    {no_gt(Description),
     no_nl(Description)}.


fasta_seq([]) --> [].
fasta_seq(Seq) -->
    nt([S]),
    fasta_seq(Ss),
    {S="X"->Seq =Ss;Seq=[S|Ss]}.

 nt("A") --> "A".
 nt("C") --> "C".
 nt("G") --> "G".
 nt("T") --> "T".
 nt("X") --> "\n".

 no_gt([]).
 no_gt([E|Es]):-
     dif([E],">"),
     no_gt(Es).

 no_nl([]).
 no_nl([E|Es]):-
     dif([E],"\n"),
     no_nl(Es).

这显然是错误的。我想要的行为是

 ?-phrase(fasta_section(S),">frog\nACGGGGTACG\n>duck\nACGTTAG").
 S = section("frog","ACGGGGTACG");
 S = section("duck","ACGTTAG");
 false.

但如果我这样做了 phrase(fasta_file(Sections),">frog\nACGGGGTACG\n>duck\nACGTTAG). 部分与 sections/2s 的列表统一，这就是我想要的，但我当前的代码似乎很老套 - 例如我如何处理换行符.

Answer 1

肯定有 'small' 个打字问题：

nt("A") -->"A",
nt("C") -->"C",
nt("G") -->"G",
nt("T") -->"T".

应该是

nt("A") -->"A".
nt("C") -->"C".
nt("G") -->"G".
nt("T") -->"T".

无论如何，我在调试 DCG 时也遇到了问题，我编写了一个解析器来在 Prolog 中加载一个 MySQL 转储（普通的 SQL，真的），并且在出现意外情况时很痛苦，比如发现了转义字符串或 UTF8 (?) 奇怪的编码。

我建议使用phrase/3，看看是否有无法解析的尾巴。此外，可以帮助在已知的、行为良好的序列之后放置一些调试输出。

当然，我假设您已经尝试使用 SWI-Prolog 调试器。

另外，提防

...
dif([E],">"),
...

您是否设置了有关双引号的适当标志？在 DCG 主体中，重写机制负责匹配，但默认情况下 SWI-Prolog 中的一系列代码不会匹配双引号字符串...

编辑

我认为这不会解决您对一般策略的疑问...无论如何，这就是我处理问题的方式...

fasta_file([]) -->[].
fasta_file([Section|Sections]) -->
    fasta_section(Section),
    fasta_file(Sections).

fasta_section(section(Description,Sequence)) -->
    fasta_description(Description),
    fasta_seq(SequenceCs), {atom_codes(Sequence, SequenceCs)}, !.

fasta_description(Description) -->
    ">", string(DescriptionCs), "\n", {atom_codes(Description, DescriptionCs)}.

fasta_seq([S|Seq]) --> nt(S), fasta_seq(Seq).
fasta_seq([]) --> "\n" ; []. % optional \n at EOF

nt(0'A) --> "A".
nt(0'C) --> "C".
nt(0'G) --> "G".
nt(0'T) --> "T".

现在

?- phrase(fasta_file(S), `>frog\nACGGGGTACG\n>duck\nACGTTAG`).
S = [section(frog, 'ACGGGGTACG'), section(duck, 'ACGTTAG')] ;
false.

注意：子句 fasta_seq//1 的顺序很重要，因为它实现了 'eager' 解析 - 主要是为了提高效率。正如我所说，我不得不解析 SQL，几个 MB 是常见的。

编辑

?- phrase((string(_),fasta_section(S)), `>frog\nACGGGGTACG\n>duck\nACGTTAG`,_).
S = section(frog, 'ACGGGGTACG') ;
S = section(duck, 'ACGTTAG') ;
false.

fasta_section//1表示匹配一个确定的序列。为了得到所有的回溯，我们必须提供一个回溯点。在这种情况下，库中的 string//1(dcg/basics) 完成工作

为文件输入创建 dcg 的一般模式是什么？

What is the general pattern for creating a dcg for file input?

prolog

swi-prolog

dcg

fasta