使用提供的节点坐标绘制 ggraph

Question

正如标题所说。我有一个使用 igraph::sample_grg() 创建的图 object，我想使用 ggraph 绘制它，节点根据节点属性 x 和 y 定位。我尝试过的：

创建图表：

set.seed(1234)

library(igraph)
library(ggraph)
library(tidygraph)

g <- sample_grg(5, 0.4, torus = FALSE, coords = TRUE)

图表带有 x 和 y 属性，应该是节点位置

vertex.attributes(g)
$x
[1] 0.009495756 0.113703411 0.609274733 0.666083758 0.860915384    
$y
[1] 0.6222994 0.6233794 0.6403106 0.2325505 0.5142511

尝试 1

ggraph(g) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

Error in graph_to_tree(graph, mode = direction) : Graph must be directed

我没有或不需要有向图。

尝试 2

l1 = data.frame(x = V(g)$x, y = V(g)$y)

ggraph(g, layout = l1) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

Error: `data` must be uniquely named but has duplicate columns
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.

尝试 3

l2 <- create_layout(g, layout = l1) 
l2 <- l2[,-c(1:2)]

ggraph(l2, layout = l2) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

Error in .register_graph_context(attr(plot$data, "graph"), free = TRUE) : 
  is.tbl_graph(graph) is not TRUE

尝试 4

g2 <- as_tbl_graph(g)

ggraph(g2, layout = "manual") +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

Error in eval_tidy(x, .N()) : object '' not found

在 this question 之后尝试 5：

ggraph(g, layout = "manual", circular = FALSE, node.positions = l1) +
  geom_edge_link() + 
  geom_node_point()

Error in layout_fun(graph, circular = circular, ...) : 
  unused argument (node.positions = list(c(0.0612166156060994, 0.0649281670339406, 0.250601968728006, 0.726055516628549, 0.916498943232), c(0.979841426480561, 0.450912220636383, 0.283102283952758, 0.782102265860885, 0.663251199992374)))

我觉得我遗漏了一些非常明显的东西，任何建议将不胜感激。

Answer 1

由于您在生成 g 时启用了 coords = TRUE，因此布局坐标名称已指定为 x 和 y。

为避免冲突，您应该使用不同的列名称命名布局 l1，例如 lx 或 ly、

l1 <- data.frame(lx = NA, ly = NA)

ggraph(g, l1) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

如果禁用 coords = ，即

g <- sample_grg(5, 0.4, torus = FALSE, coords = FALSE)

然后您可以使用列名 x 和 y 提供您自己的坐标（因为如果您不指定它们的值，将不会生成此类列），例如，

l1 <- data.frame(x = 1:5, y = 5:1)

ggraph(g, l1) +
  geom_edge_link() +
  geom_node_point()

你会看到

使用提供的节点坐标绘制 ggraph

plot ggraph using supplied node coordinates

r

igraph

ggraph

tidygraph