我的简短 SPM12 脚本似乎有什么问题 - 它应该对两个神经映射 (.nii) 求和？

Question

我不怕这个问题可能太晦涩，但就这样吧！

我编写脚本的经验有限，我编写了这个脚本来用 SPM12 对两个神经图（名称中包含“c1”或“c2”）求和：

dataPath=fileparts(pwd);
dataPath=fullfile(dataPath,'/MATLAB Drive/Target Files');
filterStrC1='^c1';
filterStrC2='^c2';

fileNameC1=spm_select('FPListRec',dataPath,filterStrC1);
fileNameC2=spm_select('FPListRec',dataPath,filterStrC2);

for iSubj=1:size(fileNameC1,1)
    disp(iSubj);
    [filePath, fileName]=fileparts(fileNameC1(iSubj,:));
    fileName=fileName(3:end);
    
    V0_fileName=[ filePath, filesep, 'sum_c12_' ,fileName, '.nii'];
    tpm(iSubj)=spm_imcalc([fileNameC1(iSubjs,:) ;fileNameC2(iSubj,:)], V0_fileName,'i1+i2');
end

disp('sum done!')

但是，由于某些原因，for 循环不断被跳过，每次我运行脚本时，fileName 变量都是空的。

你能发现我的脚本有什么明显的错误吗？

Answer 1

我设法通过删除前四行并直接替换 spm_select 命令中的值来修复它。我怀疑 dataPath 变量有问题。此外，在下一行中有一个额外的“s”，创建一个新变量 iSubjs 而不是使用 iSubj:

    tpm(iSubj)=spm_imcalc([fileNameC1(iSubjs,:) ;fileNameC2(iSubj,:)], V0_fileName,'i1+i2');

我删除了，所以变成了：

    tpm(iSubj)=spm_imcalc([fileNameC1(iSubj,:) ;fileNameC2(iSubj,:)], V0_fileName,'i1+i2');

我仍然不完全确定为什么 有效，但现在它有效了。

Answer 2

我认为你是对的 spm_select returns 一个空数组。

所以spm_select是用来select一个'c1'和'c2'一个主题的图像？如果你知道每个 'c1' 总是有一个 'c2' 那么使用 ls:

会更容易

c1files = ls ( [ DataPath '/*/*/c1*.nii' ] ); % depending on tree depth
c1files = textscan ( c1files, '%s' );
c1files = c1files {1};

for i = 1: length ( c1files )
    c1 = c1files { i };
    c2 = strrrep ( c1, 'c1', 'c2' );
    tpm ( i ) = spm_imcalc ( [ c1; c2 ], 'i1+i2' );
end

如您所见，您需要稍微操作一下 'ls' 命令的输出（以及命令本身，具体取决于您所在的目录数）：它只是一个矩阵字符，textscan 可以变成文件名元胞数组。（它实际上是一个嵌套数组，这就是为什么需要另一行）。

但是您有一个 'c1' 文件列表，您可以从中构建 'c2' 文件。您可能想要打印它的大小以防它为 0。希望对 spm_imcalc 的修改后的调用仍然有效 - 语法应该没问题，不确定 tpm 的形状是什么。

我的简短 SPM12 脚本似乎有什么问题 - 它应该对两个神经映射 (.nii) 求和？

What seems to be the problem with my short SPM12 script - it's supposed to sum two neural maps (.nii)?

matlab

matlab-spm