如何将 nlsList 中的系数放入数据框中？

Question

有没有办法从 nlsList() 中提取估计值？示例数据：

library(nlme)
dat<-read.table(text="time gluc starch solka
1 6.32 7.51 1.95
2 20.11 25.49 6.43
3 36.03 47.53 10.39
6 107.52 166.31 27.01
12 259.28 305.19 113.72
24 283.40 342.56 251.14
48 297.55 353.66 314.22", header = TRUE)
long <- tidyr::pivot_longer(dat, -1, values_to = "y")
long$name <- factor(long$name)
st0 <- list(Max = 200, k = 0.1, Lag = 0.5)
kinetics<-nlsList(y ~ (time > Lag) * Max * (1-exp(-k * (time - Lag))) | name, long, start = st0)

我想得到一个数据框，如下图所示的样本及其对 Max、k 和 Lag 的估计，但不知道如何实现。

Answer 1

我们可以提取 coef 然后用 apply

遍历 3d 数组

library(nlme)
m1 <- apply(summary(kinetics)$coef, 3, function(x) x[,1])
dat <- transform(as.data.frame(m1), name = row.names(m1))[c(4, 1:3)]
row.names(dat) <- NULL

-输出

dat
    name      Max          k      Lag
1   gluc 299.6637 0.16155846 2.426204
2  solka 337.5416 0.06583197 4.966971
3 starch 353.7206 0.18416048 2.276593

Answer 2

这是一个简单的方法，只需将系数适当的维度强制转换为class "data.frame".

cf_smry <- coef(summary(kinetics))[, 1, ]
as.data.frame(cf_smry)
#            Max          k      Lag
#gluc   299.6637 0.16155846 2.426204
#solka  337.5416 0.06583197 4.966971
#starch 353.7206 0.18416048 2.276593

Answer 3

coef(kinetics) 给出了一个数据框，因此其中任何一个都可以工作，区别仅在于名称是显示为行名（第一个）还是显示为列名（其他）。

coef(kinetics)

data.frame(name = names(kinetics), coef(kinetics), row.names = NULL)

tibble::rownames_to_column(coef(kinetics), var = "name")

如何将 nlsList 中的系数放入数据框中？

How can I get the coefficients from nlsList into a dataframe?

r

list

dataframe

nls

coefficients