如何将当前目录设为 linux 中的主目录
how make a current directory as home directory in linux
请你帮我提出以下建议:
<> 我在 SLURM 集群上使用一个帐户，其中我的主目录（即 /home/user）的存储空间 space 最大为 32 GB
<> 我在 SLURM 集群上 运行 设置了一个奇点容器，它只有在输入文件位于主目录（/home/user 有 32 GB）时才工作，而不是使用 SLURM 集群上的任何其他位置（即 /labs/professor 我们有 7TB）
问题是：是否有任何方法可以将大帐户 space（即 /labs/professor）设置为“主目录”，以便奇点容器 运行 ？
非常感谢，非常感谢，
--博格丹
您可以根据需要更改变量 HOME（但我不建议这样做，除非您知道会发生什么变化）
但是更简单的方法是为您喜欢的目录设置软链接，我个人就是这样做的。
ln -s path/of/dir path/to/dir
您可以制作或编辑~/.config目录下的user-dirs.dirs文件到此
SECOND_HOME="/labs/professor"
XDG_DESKTOP_DIR="$SECOND_HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$SECOND_HOME/Downloads"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$SECOND_HOME/Documents"
XDG_MUSIC_DIR="$SECOND_HOME/Music"
XDG_PICTURES_DIR="$SECOND_HOME/Pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$SECOND_HOME/Videos"
XDG_TEMPLATES_DIR="$SECOND_HOME/Templates"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$SECOND_HOME/Public"
在这里您可以更改系统使用的默认目录。您可以根据需要更改 SECOND_HOME
编辑：
如果你想改变你的默认 HOME 然后在用户登录时覆盖 HOME 变量（这取决于你使用的是哪个显示管理器，但这很容易）
但在此之前将所有内容（即 .config、.local 等）目录移动到您要设置为主目录的目录（例如 /labs/professor）
或者可以直接运行
usermod -m -d /newhome/username username
这里-m（--move-home的缩写）会将内容从用户当前目录移动到新目录。
如果你只是想让奇点在其他地方使用 HOME，你可以通过 command line.
进行设置
singularity exec --help
# ...
# -H, --home string a home directory specification. spec can
# either be a src path or src:dest pair. src
# is the source path of the home directory
# outside the container and dest overrides
# the home directory within the container.
# (default "$HOME")
# ...
singularity exec -H /labs/professor:/home ls -l /home
# will match
ls -l /labs/professor
我尝试添加评论，但格式不正确。如果你不介意，我会在这里添加它：
我通过以下方式获得了通往 运行 的管道：
singularity exec \
--bind /local/scratch/btanasa:/output8 \
--home /labs/jlgoldbe/MASSY_data_SLAMseq/the_SAMPLES_MAY2021:/home \
/labs/jlgoldbe/MASSY_data_SLAMseq/the_SAMPLES_MAY2021/SLAMDUNK_SINGULARITY/slamdunk_latest.sif slamdunk all \
-r GRCm38.primary_assembly.genome.fa \
-b 3UTRs_vM14_github_repository.27aug2020.sortdesc.LONG.with.SYMBOLS.to.use.bed \
-o /output8 \
-t 4 \
./8_R1_001.fastq.gz
请你帮我提出以下建议:
<> 我在 SLURM 集群上使用一个帐户，其中我的主目录（即 /home/user）的存储空间 space 最大为 32 GB
<> 我在 SLURM 集群上 运行 设置了一个奇点容器，它只有在输入文件位于主目录（/home/user 有 32 GB）时才工作，而不是使用 SLURM 集群上的任何其他位置（即 /labs/professor 我们有 7TB）
问题是：是否有任何方法可以将大帐户 space（即 /labs/professor）设置为“主目录”，以便奇点容器 运行 ？
非常感谢，非常感谢，
--博格丹
您可以根据需要更改变量 HOME（但我不建议这样做，除非您知道会发生什么变化）
但是更简单的方法是为您喜欢的目录设置软链接，我个人就是这样做的。
ln -s path/of/dir path/to/dir
您可以制作或编辑~/.config目录下的user-dirs.dirs文件到此
SECOND_HOME="/labs/professor"
XDG_DESKTOP_DIR="$SECOND_HOME/Desktop"
XDG_DOWNLOAD_DIR="$SECOND_HOME/Downloads"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$SECOND_HOME/Documents"
XDG_MUSIC_DIR="$SECOND_HOME/Music"
XDG_PICTURES_DIR="$SECOND_HOME/Pictures"
XDG_VIDEOS_DIR="$SECOND_HOME/Videos"
XDG_TEMPLATES_DIR="$SECOND_HOME/Templates"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$SECOND_HOME/Public"
在这里您可以更改系统使用的默认目录。您可以根据需要更改 SECOND_HOME
编辑： 如果你想改变你的默认 HOME 然后在用户登录时覆盖 HOME 变量（这取决于你使用的是哪个显示管理器，但这很容易）
但在此之前将所有内容（即 .config、.local 等）目录移动到您要设置为主目录的目录（例如 /labs/professor）
或者可以直接运行
usermod -m -d /newhome/username username
这里-m（--move-home的缩写）会将内容从用户当前目录移动到新目录。
如果你只是想让奇点在其他地方使用 HOME，你可以通过 command line.
singularity exec --help
# ...
# -H, --home string a home directory specification. spec can
# either be a src path or src:dest pair. src
# is the source path of the home directory
# outside the container and dest overrides
# the home directory within the container.
# (default "$HOME")
# ...
singularity exec -H /labs/professor:/home ls -l /home
# will match
ls -l /labs/professor
我尝试添加评论，但格式不正确。如果你不介意，我会在这里添加它：
我通过以下方式获得了通往 运行 的管道：
singularity exec \
--bind /local/scratch/btanasa:/output8 \
--home /labs/jlgoldbe/MASSY_data_SLAMseq/the_SAMPLES_MAY2021:/home \
/labs/jlgoldbe/MASSY_data_SLAMseq/the_SAMPLES_MAY2021/SLAMDUNK_SINGULARITY/slamdunk_latest.sif slamdunk all \
-r GRCm38.primary_assembly.genome.fa \
-b 3UTRs_vM14_github_repository.27aug2020.sortdesc.LONG.with.SYMBOLS.to.use.bed \
-o /output8 \
-t 4 \
./8_R1_001.fastq.gz