如何使用 Vegan 在 R 中绘制稀疏曲线？
How to plot rarefaction curves in R using Vegan?
我有一个包含在不同参考基因组中识别的基因的数据集。因此，参考基因组在行中，基因在 table 的列中。 table 被编码为二进制，其中 0 表示基因不存在，1 表示基因存在。我制作了基因积累曲线，这表明每个基因组的基因数量正在接近一个稳定水平。现在，我正在尝试使用 R 包 vegan 绘制稀疏曲线。我使用了以下代码：
b<-read.csv("data.csv", header = T, check.names = F)
S <- specnumber(b) # observed number of species
(raremax <- min(rowSums(b)))
Srare <- rarefy(b, raremax)
plot(Srare, xlab = "Observed No. of genes", ylab = "Rarefied No. of genes")
abline(0, 1)
rarecurve(b, step = 15, sample = raremax, col = "blue", cex = 0.6)
数据集是这样的：
gene1 gene2 gene3
#genome1 0 1 0
#genome2 1 0 1
#genome3 1 0 1
但是，使用这段代码我没有得到任何令人满意的输出。我只得到一条穿过对角线的直线。我附上了下面的输出。
有人可以建议我如何更正输出吗？
谢谢。
rarefy 函数稀疏化数据的各个行：它对每一行中出现的事件（“个人”）进行子抽样。如果所有这些样本个体的值为 1，那么您将得到一个子样本，而这些样本的总和就是样本大小：这就是您得到的。没有有意义的方法来稀疏一个向量：您需要一些计数 > 1 的计数数据。
您可能在对矩阵的 行 进行子采样时寻找整个数据集中的基因积累。这是在 vegan 函数 specaccum（参数 method = "exact"）中完成的，它有自己的 plot 等方法。
我有一个包含在不同参考基因组中识别的基因的数据集。因此，参考基因组在行中，基因在 table 的列中。 table 被编码为二进制，其中 0 表示基因不存在，1 表示基因存在。我制作了基因积累曲线，这表明每个基因组的基因数量正在接近一个稳定水平。现在，我正在尝试使用 R 包 vegan 绘制稀疏曲线。我使用了以下代码：
b<-read.csv("data.csv", header = T, check.names = F)
S <- specnumber(b) # observed number of species
(raremax <- min(rowSums(b)))
Srare <- rarefy(b, raremax)
plot(Srare, xlab = "Observed No. of genes", ylab = "Rarefied No. of genes")
abline(0, 1)
rarecurve(b, step = 15, sample = raremax, col = "blue", cex = 0.6)
数据集是这样的：
gene1 gene2 gene3
#genome1 0 1 0
#genome2 1 0 1
#genome3 1 0 1
但是，使用这段代码我没有得到任何令人满意的输出。我只得到一条穿过对角线的直线。我附上了下面的输出。
有人可以建议我如何更正输出吗？
谢谢。
rarefy 函数稀疏化数据的各个行：它对每一行中出现的事件（“个人”）进行子抽样。如果所有这些样本个体的值为 1，那么您将得到一个子样本，而这些样本的总和就是样本大小：这就是您得到的。没有有意义的方法来稀疏一个向量：您需要一些计数 > 1 的计数数据。
您可能在对矩阵的 行 进行子采样时寻找整个数据集中的基因积累。这是在 vegan 函数 specaccum（参数 method = "exact"）中完成的，它有自己的 plot 等方法。