snakemake - 访问不在 bin/ 中的 conda 环境资产
snakemake - accessing conda environment assets not in bin/
我在我的工作流程中使用了一些 conda envs，其中包含有用的资产（数据、模型等），这些资产 不是 在环境 bin/ 路径中，例如在 share/ 、 opt/ 或其他下找到的特定文件。
是否有一种标准方法可以从工作流中访问这些路径？也许是一个包含环境路径的变量？否则，我发现自己使用各种 Linux 技巧来定位这些文件。像这样的东西：
rule snap:
...
conda:
snap.yaml
shell:
"""
# find env dir
env=`grep -l snap ./.snakemake/conda/*.yaml | xargs basename | sed 's/\.yaml//'`
snap ./.snakemake/conda/$env/share/HMM/X.hmm {input}
"""
关于如何处理此类案件有什么想法吗？
变量$CONDA_PREFIX包含当前激活环境的路径。从那里应该很容易去share、opt等
如果这没有帮助，请尝试发布您的设置的目录树以及您想要访问的内容，因为它并不完全清楚，至少对我来说是这样。
我在我的工作流程中使用了一些 conda envs，其中包含有用的资产（数据、模型等），这些资产 不是 在环境 bin/ 路径中，例如在 share/ 、 opt/ 或其他下找到的特定文件。
是否有一种标准方法可以从工作流中访问这些路径？也许是一个包含环境路径的变量？否则，我发现自己使用各种 Linux 技巧来定位这些文件。像这样的东西：
rule snap:
...
conda:
snap.yaml
shell:
"""
# find env dir
env=`grep -l snap ./.snakemake/conda/*.yaml | xargs basename | sed 's/\.yaml//'`
snap ./.snakemake/conda/$env/share/HMM/X.hmm {input}
"""
关于如何处理此类案件有什么想法吗？
变量$CONDA_PREFIX包含当前激活环境的路径。从那里应该很容易去share、opt等
如果这没有帮助，请尝试发布您的设置的目录树以及您想要访问的内容，因为它并不完全清楚，至少对我来说是这样。