在 gtsummary table 生成的 p 值中使用科学记数法

Question

我正在尝试以科学格式显示在 gtsummary table 中生成的测试的 p 值。所以我希望我的 p 值看起来像 2e-16 而不是 <0.001。请参阅下面的 table。

关于如何使用 gtsummary 包执行此操作的任何建议？我在下面整理了一个可重现的代码：

# download pacman package if not installed, otherwise load it
if(!require(pacman)) install.packages(pacman)

# loads relevant packages using the pacman package
pacman::p_load(
  tidyverse, # for pipes
  gtsummary) # for tables

# 2by2 table 
trial %>%
  tbl_cross(row = trt, 
            col = response) %>% 
  add_p()

Answer 1

以下是获取所需 p 值的方法！

library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.4.1'

# 2by2 table 
tbl <-
  trial %>%
  tbl_cross(row = trt, 
            col = response) %>% 
  add_p() %>%
  modify_fmt_fun(p.value ~ function(x) ifelse(is.na(x), NA, format(x, digits = 2, scientific = TRUE)))

^{由 reprex package (v2.0.0)}

创建于 2021-06-11

add_p() 函数有参数 pvalue_fun=，应该指定 formats/styles 的函数。但是我看到这个参数被忽略了（我会在下一个版本中解决这个问题）。

在 gtsummary table 生成的 p 值中使用科学记数法

Use scientific notation in p-value produced by gtsummary table

p-value

gtsummary