RDKit 不绘制二氯甲烷

Question

我正在使用在 pdb 数据库中找到的这个分子。 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/65106

当我使用 MoltoSMILES 模块时，我在 return 中没有得到任何东西，或者看起来不一致。这是我在 Jupyter Notebook 中使用的代码。我遇到的另一个问题是次要的，但我想使用 Spyder。我注意到这个数字从不在 Spyder 中绘制，所以我切换到 Jupyter。无论如何，这是代码，我将展示我发现的或生成的不同 SMILES 格式：

#%% Modules
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import rdDepictor
from rdkit.Chem import PandasTools
IPythonConsole.ipython_useSVG=True
from rdkit.Chem import rdRGroupDecomposition
from rdkit import RDLogger
RDLogger.DisableLog('rdApp.warning')
import rdkit
print(rdkit.__version__)
#%% Create Chlorin Scaffold

scaffold=Chem.MolFromSmiles('C1CC2=NC1=CC3=CC=C(N3)C=C4C=CC(=N4)C=C5C=CC(=C2)N5')  
scaffold

我还尝试了在 pdb 数据库、维基百科中找到的其他几个 SMILES 字符串，这些字符串是我用 OpenBable 生成的。他们在这里：

C1CC2=NC1=CC3=CC=C(N3)C=C4C=CC(=N4)C=C5C=CC(=C2)N5

C(N1)(/C=C2N=C(C=C)/C=C3N/C(C=C)=C)= CC=C1/C=C5CCC4=N/5

[nH]1/c/2=C\C3=N/C(=C\c4ccc([nH]4)/C=C/C =CC(=N4)/C=c/cc2)/C=C3

None 其中 return 是正确的绘图。我不确定如何解决这个问题。是否有对 RDKit 期望的 SMILES 格式的偏好？我会提到键和原子是正确的，但最终的形状是唯一错误的地方。

这是我希望看到的图像：

谢谢，

Answer 1

让 RDKit 计算二维坐标并使用 CoordGen 库。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdDepictor
rdDepictor.SetPreferCoordGen(True)
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

smiles = 'C1CC2=NC1=CC3=CC=C(N3)C=C4C=CC(=N4)C=C5C=CC(=C2)N5'

scaffold = Chem.MolFromSmiles(smiles)

rdDepictor.Compute2DCoords(scaffold)

要使用 Spyder，请在执行代码后在控制台中键入 scaffold。

RDKit 不绘制二氯甲烷

RDKit not drawing Chlorin

python

jupyter-notebook

spyder

rdkit