计算 r 中阈值下的持续时间

Question

我有一个包含 ID、时间、值的数据集。我想计算每个主题的数据集中我的值保持在 1 以下的总时间。

 library(data.table)     
ID<-rep(1:10,each=10)
    time<-rep(1:10,times=10)
    value<-rep(c(0.001,0.01,0.05,0.07,0.09,0.096,0.1,0.5,1,2),10)
    df<-cbind(ID,time,value)
    df<-as.data.frame(df)
    # # 
    df_sum<-setDT(df)[value < 1, diff(range(time)), by = .(ID)]

在此数据集中，预期答案为 8 小时。我有 7 个小时。这是正确的方法吗？

Answer 1

通过使用 value < 1，您将删除一个键行。

df[ID == 1, ]
#        ID  time value     v    t2
#     <num> <num> <num> <num> <num>
#  1:     1     1 0.001 0.001     0
#  2:     1     2 0.010 0.011     1
#  3:     1     3 0.050 0.061     2
#  4:     1     4 0.070 0.131     3
#  5:     1     5 0.090 0.221     4
#  6:     1     6 0.096 0.317     5
#  7:     1     7 0.100 0.417     6
#  8:     1     8 0.500 0.917     7
#  9:     1     9 1.000 1.917     8
# 10:     1    10 2.000 3.917     9
df[ID == 1, ][value < 1, ]
#       ID  time value     v    t2
#    <num> <num> <num> <num> <num>
# 1:     1     1 0.001 0.001     0
# 2:     1     2 0.010 0.011     1
# 3:     1     3 0.050 0.061     2
# 4:     1     4 0.070 0.131     3
# 5:     1     5 0.090 0.221     4
# 6:     1     6 0.096 0.317     5
# 7:     1     7 0.100 0.417     6
# 8:     1     8 0.500 0.917     7

其中time个空格的范围从0到7，确实是7.

我认为您需要以下两种解决方案之一：

diff(range(.))+1,既然你想知道7-0+1=8:

df[ value < 1, diff(range(time)) + 1, by = ID]
#        ID    V1
#     <num> <num>
#  1:     1     8
#  2:     2     8
#  3:     3     8
#  4:     4     8
#  5:     5     8
#  6:     6     8
#  7:     7     8
#  8:     8     8
#  9:     9     8
# 10:    10     8

包括 value 个，共 1 个：

df[ value <= 1, diff(range(time)), by = ID]

计算 r 中阈值下的持续时间

Calculate duration of time under threshold in r

r

dataframe

data.table

data-manipulation

summary