使用 virtualenv 在集群（Compute Canada）上安装 Numba

Question

我正在尝试在集群上安装 Numba，这样我就可以在上面运行我的 Jitted python 代码。但是，当我尝试导入 Numba 时，我一直运行ning 出现“libllvmlite.so”错误。这是使用 virtualenv 在 Cedar 集群上完成的。 Numba 是使用 pip 安装的（也尝试过 pip3）。

我开始使用（...是我的环境文件夹的目录）激活我的环境： source ~/.../ENV/bin/activate。然后我使用 pip 安装 Numba（我也尝试过使用 pip uninstall 删除并重新安装 Numba）。但是，当我在我的环境中加载 Python 3.7.0 时，每当我尝试导入 Numba 时都会收到错误消息。

我使用 pip show 检查版本：Python 3.7.0，Numba 0.53.1，llvmlite 0.36.0。

这是我的终端的输出：

(ENV) [04:12:46] patrick7@cedar1 > [~/projects/def-mann/patrick7/diffusioncluster]python
Python 3.7.0 (default, Sep 25 2018, 18:19:16)
[GCC 5.4.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import numba
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/home/patrick7/projects/def-mann/patrick7/diffusioncluster/ENV/lib/python3.7/site-packages/numba/__init__.py", line 19, in <module>
    from numba.core import config
  File "/home/patrick7/projects/def-mann/patrick7/diffusioncluster/ENV/lib/python3.7/site-packages/numba/core/config.py", line 16, in <module>
    import llvmlite.binding as ll
  File "/home/patrick7/projects/def-mann/patrick7/diffusioncluster/ENV/lib/python3.7/site-packages/llvmlite/binding/__init__.py", line 4, in <module>
    from .dylib import *
  File "/home/patrick7/projects/def-mann/patrick7/diffusioncluster/ENV/lib/python3.7/site-packages/llvmlite/binding/dylib.py", line 3, in <module>
    from llvmlite.binding import ffi
  File "/home/patrick7/projects/def-mann/patrick7/diffusioncluster/ENV/lib/python3.7/site-packages/llvmlite/binding/ffi.py", line 191, in <module>
    raise OSError("Could not load shared object file: {}".format(_lib_name))
OSError: Could not load shared object file: libllvmlite.so

我尝试了网上找到的其他解决方案（重新安装，尝试不同版本...），目前 none 有效。任何帮助将不胜感激！谢谢！

Answer 1

我找到了解决问题的方法。

我尝试过但没有奏效的方法：

手动使用 pip 安装 llvmlite
降级到 Numba 版本 0.43，因为它是与 Python 3.7
将 Pip 升级到最新版本后卸载（llvmlite numpy 和 numba）并重新安装 Numba（自动安装它的依赖项）

有效的方法：

正在将 Python 从 3.7.0 升级到 3.7.10

似乎 Python 版本 >= 3.7.3，默认命令 pip install numba 完美运行！

感谢阅读！

使用 virtualenv 在集群（Compute Canada）上安装 Numba

Installing Numba on a Cluster (Compute Canada) using virtualenv

python

cluster-computing

virtualenv

python-3.x

numba