使用 Ctypes 在 Python 中加载已编译的 Matlab 共享库

Question

我正在尝试在 Python 中进行不完全 Cholesky 分解，但我找不到直接的 Python 包。

由于我在网上能找到的大部分代码都是用Matlab写的，我想绕道

将 matlab 代码编译为共享库（我正在使用 Mac OS 和 MATLAB_R2014a，因此它应该生成 .dylib 文件）
使用 Ctypes

详细步骤如下：

0。下载 Matlab 源代码

代码可以从F. Bach的网页link to zip file下载，包含以下文件：

panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m            csi.dll             csi.mexglx          csi_gaussian.dll    csi_gaussian.mexglx readme.txt
csi.c               csi.m               csi_gaussian.c      csi_gaussian.m      demo_csi.m          sqdist.m

1。将 matlab 代码编译到共享库

然后按照 this post，我运行命令：

mcc -v -W cpplib:libcsi -T link:lib csi

大约一分钟后，终端打印 MEX completed successfully 并且在我的文件夹中有

panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m             csi.m                csi_gaussian.dll     demo_csi.m           libcsi.exports       readme.txt
csi.c                csi.mexglx           csi_gaussian.m       libcsi.cpp           libcsi.h             sqdist.m
csi.dll              csi_gaussian.c       csi_gaussian.mexglx  libcsi.dylib         mccExcludedFiles.log

其中 libcsi.dylib 是我想要的共享库。

2。在 Python

中加载库

然后我打开 IPython 并尝试加载库：

In [1]: import ctypes

In [2]: ctypes.C
ctypes.CDLL       ctypes.CFUNCTYPE

In [2]: ctypes.CDLL('libcsi.dylib')
---------------------------------------------------------------------------
OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-b6d0c1a91651> in <module>()
----> 1 ctypes.CDLL('libcsi.dylib')

/Users/panc25/anaconda/lib/python2.7/ctypes/__init__.pyc in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error)
    363
    364         if handle is None:
--> 365             self._handle = _dlopen(self._name, mode)
    366         else:
    367             self._handle = handle

OSError: dlopen(libcsi.dylib, 6): Library not loaded: @rpath/libmwmclmcrrt.8.3.dylib
  Referenced from: /Users/panc25/Downloads/csi-1.0/libcsi.dylib
  Reason: image not found

即使我将 ctypes.CDLL('libcsi.dylib') 中的文件名替换为完整路径，此问题仍然存在。

所以我很困惑。共享库是有的，但是为什么Python说"image not found"？

顺便说一句

由于源代码也通过mex.h提供了C实现，我也尝试先创建一个.mex文件，然后将.mex编译成共享库如下：

panc:csi-1.0 panc25$ mex csi.c

它创建了 csi.mexmaci64 文件。然后根据this link，我调用：

panc:csi-1.0 panc25$ mcc -B csharedlib:csi2 csi.mexmaci64

生成了 csi2.dylib 个文件。

但是当我尝试在 Python 中加载它时，我遇到了同样的错误。

谁能告诉我哪里出了问题？

Answer 1

我会完全避免使用 Matlab，而是使用 PyMC2 中可用的不完全 Cholesky 分解：

from pymc.gp.incomplete_chol import ichol_full

可以找到 f2py 封装的 Fortran 代码，实际上是从 MEX 文件改编而来的 here。因此，如果需要，您可以独立于 PyMC2 使用它。

如果您有兴趣，也可以建议将此功能添加到 scipy（参见 githib issue）。

使用 Ctypes 在 Python 中加载已编译的 Matlab 共享库

Loading Compiled Matlab Shared Library in Python Using Ctypes

python

matlab

numpy

ctypes

mcc

0。下载 Matlab 源代码

1。将 matlab 代码编译到共享库

2。在 Python

顺便说一句