如何将多个相同类型的pdata身份添加到一个样本中，并在绘图时能够通过这些身份进行区分

Question

我正在尝试将表型信息 (pdata) 添加到此数据集中的样本中。

library(BiocManager)
library(GEOquery) 
library(plyr)
library(dplyr) 
library(Matrix) 
library(Seurat) 

# Loading Raw Data into RStudio ---------------------------------- 
    
    filePaths = getGEOSuppFiles("GSE118389") 
    tarF <- list.files(path = "./GSE118389/", pattern = "*.tar", full.names = TRUE) 
    untar(tarF, exdir = "./GSE118389/") 
    gzipF <- list.files(path = "./GSE118389/", pattern = "*.gz", full.names = TRUE) 
    ldply(.data = gzipF, .fun = gunzip) 
    
    list.files(path = "./GSE118389/", full.names = TRUE)

我按以下方式加载患者 39 (PT039) 的样本信息：

# Load in full matrix ----------------------------------------------------------

fullmat <- read.table(file = './GSE118389//GSE118389_counts_rsem.txt', 
                      sep = '\t', header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)


# Load in PT039 matrix -----------------------------------------------------------
PT039mat <- grep(pattern =c("^PT039") , x = colnames(fullmat), value = TRUE)
PT039mat = fullmat[,grepl(c("^PT039"),colnames(fullmat))]
PT039mat[1:5,1:5]

然后我按以下方式添加关联的 pdata，本质上是在 PT039mat 之外创建一个单独的数据帧，稍后将作为 pdata 添加到 Seurat 对象中：

PT039pdat <- data.frame("samples" = colnames(PT039mat), 
                        "lymphovascular_invasion" = "no", 
                        "nodal_involvement" = "no",
                        "BRCA_status" = "BRCA-")

这将创建以下内容：

我可能想错了，但我有以下信息，PT039 存在于多个批次中。我想基本上将这个确切的数据框重新创建到 PT039pdat:

Batch   Patient ID
B1        PT039 
B2        PT058
B3        PT039, PT081, PT089
B4        PT081
B5        PT084, PT089
B6        PT084, PT089
B7        PT126
B8        PT039, PT084
B9        PT039

我可以使用以下代码完全做到这一点：

PT039_batch <- list(c("B1", "B3", "B8", "B9"))
PT039pdat$batch <- PT039_batch

但是当我尝试在 UMAP 上绘制不同的批次时，它无法检测到单独的可能性，如果这有意义的话。

DimPlot(sobj, reduction = "umap", split.by = "batch")

Error in `[<-.data.frame`(`*tmp*`, , split.by, value = c(PT039_P11_A01_S1 = "B1",  : 
  replacement has 3538 rows, data has 1325

我希望能够创建这个，但是批次信息按 B1、B2、B3 等拆分。

对不起，问题很长，但感谢您的阅读！

Answer 1

参见 https://github.com/satijalab/seurat/issues/4650。如果我想按照我现在的方式绘制它，看起来我需要每个单元格的批次信息。

如何将多个相同类型的pdata身份添加到一个样本中，并在绘图时能够通过这些身份进行区分

How to add multiple pdata identities of same type to one sample, and be able to distinguish by those identities when plotting

r

seurat