在 survfit 和 ggsurvplot 中截尾生存
Censored survival in survfit & ggsurvplot
我使用 survfit
和 ggsurvplot
(60 个月生存期)绘制了 Kaplan-Meier 生存曲线:
surv <- survfit(Surv(time, status) ~ group, data = dataK)
ggsurvplot(surv,size = 1, censor.size = 6,risk.table = TRUE,pval = TRUE, conf.int = F,pval.coord = c(45,1), xlim = c(0,60),xlab = "Time in months",ylab = "survival",break.time.by = 12, risk.table.y.text.col = T,risk.table.y.text = T, legend.title = "",legend.labs = c("hi", "low")
因为我没有足够的受试者进行 60 个月的分析,我想将我的对数秩分析限制为 24 个月的生存分析(见虚线)。
我找不到执行此操作的方法。我通过将 xlim = c(0,60)
更改为 xlim = c(0,24)
来限制 ggplot2 时间线,但它只会更改图形方面并且不会审查即将到来的数据(p 值不会更改)。
我终于找到了一个快速简单的解决方案:
在所需的截止点创建两个新变量(以下示例为 24 个月的截尾生存期):
database$status_survival_censored <- ifelse(database$survival_time > 24, 0, database$status_survival)
database$survival_time_censored <- ifelse(database$survival_time > 24, 24, database$survival_time)
运行新的生存剧情:
surv <- survfit(Surv(survival_time_censored, status_survival_censored) ~ group, data = database)
ggsurvplot(surv)
我使用 survfit
和 ggsurvplot
(60 个月生存期)绘制了 Kaplan-Meier 生存曲线:
surv <- survfit(Surv(time, status) ~ group, data = dataK)
ggsurvplot(surv,size = 1, censor.size = 6,risk.table = TRUE,pval = TRUE, conf.int = F,pval.coord = c(45,1), xlim = c(0,60),xlab = "Time in months",ylab = "survival",break.time.by = 12, risk.table.y.text.col = T,risk.table.y.text = T, legend.title = "",legend.labs = c("hi", "low")
因为我没有足够的受试者进行 60 个月的分析,我想将我的对数秩分析限制为 24 个月的生存分析(见虚线)。
我找不到执行此操作的方法。我通过将 xlim = c(0,60)
更改为 xlim = c(0,24)
来限制 ggplot2 时间线,但它只会更改图形方面并且不会审查即将到来的数据(p 值不会更改)。
我终于找到了一个快速简单的解决方案:
在所需的截止点创建两个新变量(以下示例为 24 个月的截尾生存期):
database$status_survival_censored <- ifelse(database$survival_time > 24, 0, database$status_survival)
database$survival_time_censored <- ifelse(database$survival_time > 24, 24, database$survival_time)
运行新的生存剧情:
surv <- survfit(Surv(survival_time_censored, status_survival_censored) ~ group, data = database)
ggsurvplot(surv)