如何从 slurm 加载 anaconda 虚拟环境？

Question

我在安装了 slurm 的虚拟机上设置了 anaconda，如下所示。

base                     /root/anaconda3
upload                *  /root/anaconda3/envs/upload

slurm 中的文件是：

#SBATCH -J vs_slurm_upload
#SBATCH -o ./out/%j_log.out
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --array=0-14
FILES=(../workdir/*)

pwd
conda info --envs
source activate upload

但是和我设置的Anaconda设置不同，没有上传虚拟环境

结果如下：

base                     /root/anaconda3

为了在 slurm 中设置虚拟环境，我需要设置 docker 而不是在我的 VM 中设置吗？

我还不太了解 slurm。

感谢您的回复。

Answer 1

差异可能是因为用户特定 ~/.condarc 未加载，因为运行 SLURM 脚本未处于登录模式（即，作为您的用户）。尝试将脚本修改为：

#!/bin/bash -l

#SBATCH -J vs_slurm_upload
#SBATCH -o ./out/%j_log.out
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --array=0-14
FILES=(../workdir/*)

pwd
conda info --envs
conda activate upload

请注意，我还将 source activate 更改为 conda activate - 自 Conda v4.4 以来，以前的语法已被弃用。

如何从 slurm 加载 anaconda 虚拟环境？

How to load anaconda virtual environment from slurm?

bash

environment

anaconda

slurm