将 GWAS 摘要统计文件从 build 38 提升到 build 37

Question

我正在使用 UCSC 提升工具和相关链将我的 GWAS 摘要统计文件（制表符分隔文件）的结果从构建 38 提升到构建 37。GWAS 摘要统计文件 看起来像：

1 chr1_17626_G_A 17626 A G 0.016 -0.0332 0.0237 0.161
1 chr_20184_G_A  20184 A G 0.113 -0.185  0.023 0.419

Follwing 是我正在使用的关联链的 UCSC 工具：

我想从 GWAS 摘要统计文件创建一个 bed 格式 的文件，这是该工具所需的输入，我希望前三列以制表符分隔其余列合并为一列，并用非制表符分隔符（例如“.”）分隔。以便在运行电梯结束时保存它们。输入床文件的前三列为：

awk '{print chr, -1, }' GWAS summary stat file > ucsc.input.file

# = chrx - where x is chromosome number 
#  position -1  for SNPs
#  bp position hg38 for SNPs

以上三列为工具必填项

我的问题是：

如何使用非制表符分隔符“:”将 GWAS 摘要统计文件的其余列合并到一列中？
在运行提升后，如何解压由 :?

Answer 1

我不确定这是否能回答您的问题，但请看一看。

您可以使用awk通过:

合并多列

awk '{print  ":"  ":" }' file

然后说你想用 </code> 中的制表符替换 <code>: 然后你可以做

awk -F ":" '{gsub(/:/,"\t",)}1' file

这有什么帮助吗？

将 GWAS 摘要统计文件从 build 38 提升到 build 37

Lifting over GWAS summary statististic file from build 38 to build 37

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