在 R returns 中使用 Windows CMD 系统命令出现“127”错误

Question

使用 CMD，有效：

"C:\Program Files (x86)\ProteoWizard\ProteoWizard 3.0.21175.5b6d9afee\msconvert.exe" msconvert "C:\Users\Data\QC3.raw" -o "C:\Users\Data"

使用 R system() 时，出现“127”错误：

msconvertpath <- c("C:/Program Files (x86)/ProteoWizard/ProteoWizard 3.0.21175.5b6d9afee/msconvert.exe'")

file <- c("C:/Users/Data/QC1.raw")

outfile <- c("C:/Users/Data")

convert <- paste0(msconvertpath, '"', " msconvert ", '"', file, '"', " -o ", '"', outfile)

system(convert)

非常感谢您的帮助。

Answer 1

检查 R 中的变量：

> msconvertpath
[1] "C:/Program Files (x86)/ProteoWizard/ProteoWizard 3.0.21175.5b6d9afee/msconvert.exe'"

您可以在最后（关闭双引号之前）看到无效（多余的）单引号，并且

> convert
[1] "C:/Program Files (x86)/ProteoWizard/ProteoWizard 3.0.21175.5b6d9afee/msconvert.exe'\" msconvert \"C:/Users/Data/QC1.raw\" -o \"C:/Users/Data"
>

您可以看到缺少转义双引号（msconvertpath 左引号，outfile 右引号）。

调整后的代码片段可以工作：

msconvertpath <- c("C:/Program Files (x86)/ProteoWizard/ProteoWizard 3.0.21175.5b6d9afee/msconvert.exe")
### ^ removed invalid single quote at the very end (before closing double quote) 
afile <- c("C:/Users/Data/QC1.raw")
outfile <- c("C:/Users/Data")
convert <- paste0('"', msconvertpath, '"', " msconvert ", '"', afile, '"', " -o ", '"', outfile, '"')
### ^ added missing escaped double quotes
system(convert)

convert 变量看起来语法现在可以接受：

> convert
[1] "\"C:/Program Files (x86)/ProteoWizard/ProteoWizard 3.0.21175.5b6d9afee/msconvert.exe\" msconvert \"C:/Users/Data/QC1.raw\" -o \"C:/Users/Data\""

在 R returns 中使用 Windows CMD 系统命令出现“127”错误

Working with Windows CMD system commands in R returns a "127" error

r

cmd

command-line

system