如何用粗体标记热图的某些行名，用斜体标记其他行名

Question

我发现了一个有趣的函数，可以用粗体标记热图的一些行名。我已经调整它以斜体做同样的事情，我想知道，我如何才能调整更多这段代码，以便将一些 rowname 粗体和斜体。请找到这两个函数和热图（我正在使用找到的相同示例来解释该函数）。

library(pheatmap)
library(tidyverse)

# Create test matrix
test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")


make_bold_names <- function(mat, rc_fun, rc_names) {
  bold_names <- rc_fun(mat)
  ids <- rc_names %>% match(rc_fun(mat))
  ids %>%
    walk(
      function(i)
        bold_names[i] <<-
        bquote(bold(.(rc_fun(mat)[i]))) %>%
        as.expression()
    )
  bold_names
}


make_italic_names <- function(mat, rc_fun, rc_names) {
  italic_names <- rc_fun(mat)
  ids <- rc_names %>% match(rc_fun(mat))
  ids %>%
    walk(
      function(i)
        italic_names[i] <<-
        bquote(italic(.(rc_fun(mat)[i]))) %>%
        as.expression()
    )
  italic_names
}

pheatmap(
  test,
  labels_row = make_bold_names(test, rownames, c("Gene2", "Gene5", "Gene14")))

使用两个 labels_row 显然行不通

pheatmap(
  test,
  labels_row = make_bold_names(test, rownames, c("Gene2", "Gene5", "Gene14")),
  labels_row = make_italic_names(test, rownames, c("Gene3", "Gene6", "Gene10")))

Answer 1

显然，您不能在函数中两次传递相同的参数。

相反，您可以通过同时支持粗体和斜体的方式编辑自定义函数。这是代码：

make_face_names <- function(mat, rc_fun, rc_names_b = NA, 
                            rc_names_i = NA) {
  f_names <- rc_fun(mat)
  ids_b <- rc_names_b %>% match(rc_fun(mat))
  ids_i <- rc_names_i %>% match(rc_fun(mat))
  ids_bi <- rc_names_i %>% match(rc_fun(mat))
  
  ids_b %>%
    walk(
      function(i)
        f_names[i] <<-
        bquote(bold(.(rc_fun(mat)[i]))) %>%
        as.expression()
    )
  ids_i %>%
    walk(
      function(i)
        f_names[i] <<-
        bquote(italic(.(rc_fun(mat)[i]))) %>%
        as.expression()
    )
  
  f_names
}


pheatmap(test,
         labels_row = make_face_names(test,
                                      rownames, rc_names_b = c("Gene2", "Gene5", "Gene14"),
                                      rc_names_i = c("Gene3", "Gene6", "Gene10")))

如何用粗体标记热图的某些行名，用斜体标记其他行名

How to label some rowname of heatmap in bold and other in italic

r

pheatmap