如何使用 Snakemake 的命令行配置选项传递列表或字典
How to pass a list or dictionary using Snakemake's command line config option
我想使用 --config CLI 选项传递文件名列表以通过我的 Snakemake 工作流程生成。我需要什么语法？
只需在命令行中以python语法指定列表：
snakemake -n --config files=['file1.txt','file2.csv']
然后您可以在示例 Snakemake 规则中访问此列表，如下所示：
rule all:
input: expand({filename},filename=config['files'])
我想使用 --config CLI 选项传递文件名列表以通过我的 Snakemake 工作流程生成。我需要什么语法？
只需在命令行中以python语法指定列表：
snakemake -n --config files=['file1.txt','file2.csv']
然后您可以在示例 Snakemake 规则中访问此列表，如下所示：
rule all:
input: expand({filename},filename=config['files'])