R中的两个彩色热图
Two colored heatmap in R
我想创建一种热图来可视化变量是否包含值零或一 (0/1)，f.e。零 = 白色，一 = 黑色（或任何其他颜色）。
数据结构：我想绘制 10 种不同抗生素（列，ab1 到 ab10）和 100 种不同细菌（行，bac1 到 bac100）的热图。 F.e。如果细菌 51 对 ab 4 敏感，则此值包含“1”，否则为“0”。
使用以下代码我得到了至少有 5 或 6 种不同颜色（白色到深红色）的热图，尽管变量中的值只有 0 或 1。
heatmap(data, scale = "row")
有人知道我做错了什么吗？根据热图的想法（更高的值 return 颜色更接近比例尺的上端）只有白色或深红色方块的图应该 returned 而中间没有任何东西......或者我错了吗？
谢谢！
您不应缩放数据。 scale="row" 使您的数据按行取平均值，并将与该行的偏差平均值可视化为热图。
由于 scale= 的默认值是 "row"，只需省略 it won't solve the problem（您也可以看到相同的信息，如果您在 R 控制台中键入：?heatmap 并按 RETURN)。你必须设置 scale="none".
这样做：
heatmap(data, scale = "none")
我想创建一种热图来可视化变量是否包含值零或一 (0/1)，f.e。零 = 白色，一 = 黑色（或任何其他颜色）。
数据结构：我想绘制 10 种不同抗生素（列，ab1 到 ab10）和 100 种不同细菌（行，bac1 到 bac100）的热图。 F.e。如果细菌 51 对 ab 4 敏感，则此值包含“1”，否则为“0”。
使用以下代码我得到了至少有 5 或 6 种不同颜色（白色到深红色）的热图，尽管变量中的值只有 0 或 1。
heatmap(data, scale = "row")
有人知道我做错了什么吗？根据热图的想法（更高的值 return 颜色更接近比例尺的上端）只有白色或深红色方块的图应该 returned 而中间没有任何东西......或者我错了吗？
谢谢！
您不应缩放数据。 scale="row" 使您的数据按行取平均值，并将与该行的偏差平均值可视化为热图。
由于 scale= 的默认值是 "row"，只需省略 it won't solve the problem（您也可以看到相同的信息，如果您在 R 控制台中键入：?heatmap 并按 RETURN)。你必须设置 scale="none".
这样做：
heatmap(data, scale = "none")