从两个通道中的任何一个获取过程输入

Question

如何允许进程从两个通道之一获取输入，这两个通道是具有互斥条件运行的进程的输出？例如，类似于：

params.condition = false

process a {
    output:
    path "a.out" into a_into_c

    when:
    params.condition == true

    """
    touch a.out
    """
}

process b {
    output:
    path "b.out" into b_into_c

    when:
    params.condition == false

    """
    touch b.out
    """
}

process c {
    publishDir baseDir, mode: 'copy'

    input:
    path foo from a_into_c or b_into_c

    output:
    path "final.out"

    """
    echo $foo > final.out
    """
}

如果 params.condition 为真（例如 --condition 在命令行上给出），final.out 将包含 a.out，如果为真，则 b.out假的。

Answer 1

您可以为此使用 mix operator：

process c {
    publishDir baseDir, mode: 'copy'

    input:
    path foo from a_into_c.mix(b_into_c)

    output:
    path "final.out"

    """
    echo $foo > final.out
    """
}

从两个通道中的任何一个获取过程输入

Take process input from either of two channels

nextflow