R：将数据框用于热图

Question

几天前我已经发布了一个关于热图的问题：

答案已经对我的问题提供了很大帮助（感谢@Pedro Alencar），所以这段代码有效：

# Library
library(ggplot2)
library(plyr)

set.seed(10)

# Dummy data
x <- LETTERS[1:20]
y <- paste0("var", seq(1,20))
data <- expand.grid(X=x, Y=y)
data$Z <- runif(400, -1, 2)

print (data)

data$Z <- factor(round(data$Z))

data$Z <- revalue(data$Z, c('-1'='negative'))
data$Z <- revalue(data$Z, c('0' = 'no'))
data$Z <- revalue(data$Z, c('1' = 'yes'))
data$Z <- revalue(data$Z, c('2' = 'other'))

# Heatmap 
ggplot(data, aes(X, Y, fill= Z)) + 
  geom_tile() +
  theme (axis.title.y = element_blank(), axis.text.y = element_blank(), axis.ticks.y = element_blank()) +
  scale_fill_manual(values = c('#DCDCDC', '#888888', '#17334E', '#3773A4'), name = 'Z')

现在由于我的数据结构不同，我会再次寻求有关此主题的帮助。这是我现在的数据结构：

我现在想将@Pedro Alencar 的代码应用于具有以下结构的现有数据帧：

DF.heatmap <- data.frame(
  round(runif(100, -1, 2)), 
  round(runif(100, -1, 2)), 
  round(runif(100, -1, 2)),
  round(runif(100, -1, 2)),
  round(runif(100, -1, 2)))

colnames (DF.heatmap) <- c("col1", "col2", "col3", "col4", "col5")

DF.heatmap[DF.heatmap == "-1"] <- "negative"
DF.heatmap[DF.heatmap == "0"] <- "no"
DF.heatmap[DF.heatmap == "1"] <- "yes"
DF.heatmap[DF.heatmap == "2"] <- "other"

此数据框由“col1”到“col5”列组成，有 100 行，每列的值分别为 -1 到 2，替换后分别为“negative”到“other”。现在我想在热图的列中显示 col1 到 col5 的值，并且数据框中的每一行都是热图中的一行。

抱歉，我是 R 的新手，我不知道如何将数据框 DF.heatmap 应用于 ggplot 语句。

感谢大家的帮助！

Answer 1

首先，我会根据您的需要使用您的先例代码转换您的数据框，然后使用您的 ggplot 代码绘制热图：

library(tidyr)
library(plyr)

#Create an ID column to keep the row line number
DF.heatmap$ID = rownames(DF.heatmap)

#Reformat your dataframe with only 3 columns
DF = pivot_longer(DF.heatmap,cols=1:5,names_to="Col",values_to="Value")
colnames(DF)=c("X","Y","Z")

#Your ggplot code
DF$Z <- factor(round(DF$Z))
DF$Z <- revalue(DF$Z, c('-1'='negative'))
DF$Z <- revalue(DF$Z, c('0' = 'no'))
DF$Z <- revalue(DF$Z, c('1' = 'yes'))
DF$Z <- revalue(DF$Z, c('2' = 'other'))

#Reorder the rows in descending order
DF$X=as.numeric(DF$X)
DF$X=reorder(DF$X,desc(DF$X))

    
ggplot(DF, aes(Y, X, fill= Z)) + 
  geom_tile(color = "white",
            lwd = 0.5,
            linetype = 1)+
  scale_fill_manual(values = c('red', 'green', 'yellow', 'blue'), name = 'Z')

在你可以安排你的图使其可读之后，因为这里有很多 Y 轴标签

R：将数据框用于热图

R: Use dataframe for heatmap

r

heatmap

dataframe