尝试将 pvalues 手动添加到 ggplot R 中的箱线图后出现错误

Question

我正在尝试将在其他地方计算的 p 值添加到我的箱线图中。在尝试使用函数添加 p 值之前，箱线图工作得很好：stat_pvalue_manual。我的代码如下：

df <- data.frame(
  method = c(rep('JXD', 100), rep('ILL', 100),rep('NP', 100) ),
  value = c((runif(100, min=400, max=800)), runif(100, min=500, max=850), runif(100, min=900, max=1500))
)

ggplot(df, aes(method, value, fill = method)) +  # This is the plot function
    geom_violin() +
    geom_boxplot(width=0.2, fill="white", alpha = 0.1) +
    labs(x = "Method", fill="Method")

在此之后，我尝试从其他程序添加 p 值：

stat.test <- tibble::tribble(
    ~group1, ~group2,   ~p.adj, ~p.signif,
    "ILL",     "JXD", 6.466374e-01, 'n.s',
    "ILL",     "NP", 5.301167e-50, '****'
 )

ggplot(df, aes(method, value, fill = method)) +  # This is the plot function
  geom_violin() +
  geom_boxplot(width=0.2, fill="white", alpha = 0.1) +
  labs(x = "Method", fill="Method") +
  stat_pvalue_manual(
    stat.test,
    y.position = 900, step.increase = 1,
    label = "p.adj"
  )

但出现以下错误：

Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'method' not found

我尝试改用 ggboxplot 函数，通过在引号 'method' 之间加上它可以正常工作，这不适用于 ggplot 函数。但是使用前者我无法得到我想要的数字。

g <- ggboxplot(df, x = "method", y = "value", width = 0.8)
g+ stat_pvalue_manual(
 stat.test, 
 y.position = 900, step.increase = 0.7,
 label = "p.signif"

我不明白哪里错了。

非常感谢！

Answer 1

问题是您将 fill=method 指定为全球美学。因此，在 stat_pvalue_manual 中也在您的数据框 stat.test 中寻找列名 method。

要解决此问题，请将 fill=method 设为 geom_violin 的本地美学：

library(ggplot2)
library(ggpubr)

df <- data.frame(
  method = c(rep("JXD", 100), rep("ILL", 100)),
  value = c((runif(100, min = 400, max = 800)), runif(100, min = 500, max = 850))
)

stat.test <- tibble::tribble(
  ~group1, ~group2, ~p.adj, ~p.signif,
  "ILL", "JXD", 6.466374e-01, "n.s",
  "ILL", "NP", 5.301167e-50, "****"
)

ggplot(df, aes(method, value)) + # This is the plot function
  geom_violin(aes(fill = method)) +
  geom_boxplot(width = 0.2, fill = "white", alpha = 0.1) +
  labs(x = "Method", fill = "Method") +
  stat_pvalue_manual(
    stat.test,
    y.position = 900, step.increase = 1,
    label = "p.adj"
  )

尝试将 pvalues 手动添加到 ggplot R 中的箱线图后出现错误

got an error after trying to add pvalues manually to a boxplot in ggplot R

r

ggplot2

p-value